Bio.PDB.ic_rebuild 模組
將 XYZ 結構轉換為內部座標並返回，測試結果。
- Bio.PDB.ic_rebuild.structure_rebuild_test(entity, verbose: bool = False, quick: bool = False) dict
測試從內部座標重建 PDB 結構。
為實體產生內部座標，並將其寫入記憶體中的 .pic 檔案，然後從 .pic 檔案產生 XYZ 座標，並將產生的實體與原始實體進行比較。
請參閱
IC_Residue.pic_accuracy，如果唯一的問題是座標的微小差異，則可變更中間 .pic 檔案的數值準確度。請注意，使用預設設定時，氘化的初始結構將會無法通過比較，使用替代 IC_Residue.accept_atoms 設定載入的結構也是如此。請使用 quick=True 和/或 AtomKey.d2h 以及 IC_Residue.accept_atoms 設定的變體。
- 參數:
entity (Entity) – Biopython 結構、模型或鏈。要測試的結構
verbose (bool) – 預設值為 False。列印額外訊息
quick (bool) – 預設值為 False。僅檢查內部座標 atomArrays 是否相同
- 傳回值:
來自
compare_residues()的字典比較
- Bio.PDB.ic_rebuild.report_IC(entity: Structure | Model | Chain | Residue, reportDict: dict[str, Any] | None = None, verbose: bool = False) dict[str, Any]
產生一個字典，其中包含每個實體層級的 ic 資料元素的計數。
- reportDict 條目為
idcode：PDB ID
hdr：PDB 標頭行
mdl：模型
chn：鏈
res：殘基物件
res_e：具有二面角和/或立體角的殘基
dih：二面角
hed：立體角
- 參數:
entity (Entity) – Biopython PDB 實體物件：S、M、C 或 R
- 引發:
PDBException – 如果實體層級不是 S、M、C 或 R
Exception – 如果實體沒有 .level 屬性
- 傳回值:
包含 IC 資料元素計數的字典
- Bio.PDB.ic_rebuild.IC_duplicate(entity) Structure
複製具有 IC 資料的結構實體，沒有原子座標。
使用
write_PIC()、read_PIC()和 StringIO 緩衝區。如果需要，則呼叫Chain.atom_to_internal_coordinates()。- 參數:
entity (Entity) – Biopython PDB 實體（Atom 會失敗）
- 傳回值:
Biopython PDBStructure，除了初始座標之外，沒有 Atom 物件
- Bio.PDB.ic_rebuild.compare_residues(e0: Structure | Model | Chain, e1: Structure | Model | Chain, verbose: bool = False, quick: bool = False, rtol: float | None = None, atol: float | None = None) dict[str, Any]
比較兩個 Biopython PDB 實體 (entity) 的完整 ID 和原子座標。
跳過 DNA 和 HETATM。
- 參數:
e0,e1 (Entity) – Biopython PDB 實體物件 (S、M 或 C)。要比較的結構、模型或鏈。
verbose (bool) – 是否印出不匹配資訊，預設為 False。
quick (bool) – 預設為 False。僅檢查 atomArrays 是否相同，如果不同則 aCoordMatchCount=0。
atol (float rtol,) – 預設值為 1e-03、1e-03 或四捨五入到小數點後 3 位。NumPy allclose 參數；預設是將原子座標四捨五入到小數點後 3 位並測試是否相等。對於「quick」模式，將使用上述預設值來比較 atomArrays。
- 傳回 dict:
殘基的結果計數、完整 ID 匹配的殘基、原子、完整 ID 匹配的原子和座標匹配的原子；報告字串；錯誤狀態 (bool)。