Bio.phenotype 套件

子模組

• Bio.phenotype.phen_micro 模組
  • PlateRecord
    • PlateRecord.__init__()
    • PlateRecord.__getitem__()
    • PlateRecord.__setitem__()
    • PlateRecord.__delitem__()
    • PlateRecord.__iter__()
    • PlateRecord.__contains__()
    • PlateRecord.__len__()
    • PlateRecord.__eq__()
    • PlateRecord.__add__()
    • PlateRecord.__sub__()
    • PlateRecord.get_row()
    • PlateRecord.get_column()
    • PlateRecord.subtract_control()
    • PlateRecord.__repr__()
    • PlateRecord.__str__()
    • PlateRecord.__hash__
  • WellRecord
    • WellRecord.__init__()
    • WellRecord.__setitem__()
    • WellRecord.__getitem__()
    • WellRecord.__iter__()
    • WellRecord.__eq__()
    • WellRecord.__add__()
    • WellRecord.__sub__()
    • WellRecord.__len__()
    • WellRecord.__repr__()
    • WellRecord.__str__()
    • WellRecord.get_raw()
    • WellRecord.get_times()
    • WellRecord.get_signals()
    • WellRecord.fit()
    • WellRecord.__hash__
  • JsonIterator()
  • CsvIterator()
  • JsonWriter
    • JsonWriter.__init__()
    • JsonWriter.write()
• Bio.phenotype.pm_fitting 模組
  • logistic()
  • gompertz()
  • richards()
  • guess_lag()
  • guess_plateau()
  • fit()
  • get_area()

模組內容

表型資料輸入/輸出。

輸入

主要函數是 Bio.phenotype.parse(…)，它接受一個輸入檔案和格式字串。這會返回一個迭代器，產生 PlateRecord 物件。

>>> from Bio import phenotype
>>> for record in phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"):
...     print("%s %i" % (record.id, len(record)))
...
PM01 96
PM09 96

請注意，parse() 函數將會使用預設設定調用該格式的相關解析器。您可能需要更多控制權，在這種情況下，您需要直接建立一個特定格式的序列迭代器。

輸入 - 單一記錄

如果您預期您的檔案只包含一個記錄，那麼我們提供以下「輔助」函數，它會返回一個單一的 PlateRecord，如果沒有記錄或有多個記錄，則會引發例外。

>>> from Bio import phenotype
>>> record = phenotype.read("phenotype/Plate.json", "pm-json")
>>> print("%s %i" % (record.id, len(record)))
PM01 96

當您只預期單一記錄時（且會將多個記錄視為錯誤時），此樣式很有用。例如，當處理 opm 程式庫儲存的 PM JSON 檔案時。

然而，如果您只是想要從包含多個記錄的檔案中取得第一個記錄，請對迭代器使用 next() 函數。

>>> from Bio import phenotype
>>> record = next(phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"))
>>> print("%s %i" % (record.id, len(record)))
PM01 96

只要檔案至少包含一個記錄，上述程式碼就會運作。請注意，如果有多個記錄，其餘的記錄將會被靜默忽略。

輸出

使用函數 Bio.phenotype.write(…)，它接受一整組 PlateRecord 物件（無論是以列表還是迭代器的形式）、一個輸出檔案控制代碼（或在最近版本的 Biopython 中，接受一個作為字串的輸出檔案名稱），當然還有檔案格式。

from Bio import phenotype
records = ...
phenotype.write(records, "example.json", "pm-json")

或者，使用控制代碼

from Bio import phenotype
records = ...
with open("example.json", "w") as handle:
   phenotype.write(records, handle, "pm-json")

您應該呼叫此函數一次（使用所有記錄），如果使用控制代碼，請務必關閉它，以便將資料刷新到硬碟。

檔案格式

當指定檔案格式時，請使用小寫字串。

• pm-json - JSON 格式的表型微陣列板。

• pm-csv - CSV 格式的表型微陣列板，即

  機器供應商格式

請注意，雖然 Bio.phenotype 可以讀取上述檔案格式，但它只能以 JSON 格式寫入。

Bio.phenotype.write(plates, handle, format)

將一整組 PlateRecords 寫入檔案。

• plates - PlateRecord 物件的列表（或迭代器）。

• handle - 要寫入的檔案控制代碼物件，或作為字串的檔案名稱

  （請注意，舊版本的 Biopython 只接受控制代碼）。

• format - 描述要寫入的檔案格式的小寫字串。

您應該在呼叫此函數後關閉控制代碼。

返回寫入的記錄數（為整數）。

Bio.phenotype.parse(handle, format)

將表型檔案轉換為返回 PlateRecords 的迭代器。

• handle - 指向檔案的控制代碼，或作為字串的檔案名稱

  （請注意，舊版本的 Biopython 只接受控制代碼）。

• format - 描述檔案格式的小寫字串。

典型用法是打開檔案進行讀取，並循環處理記錄

>>> from Bio import phenotype
>>> filename = "phenotype/Plates.csv"
>>> for record in phenotype.parse(filename, "pm-csv"):
...    print("ID %s" % record.id)
...    print("Number of wells %i" % len(record))
...
ID PM01
Number of wells 96
ID PM09
Number of wells 96

當您只預期單一記錄時，請使用 Bio.phenotype.read(…) 函數。

Bio.phenotype.read(handle, format)

將表型檔案轉換為單一 PlateRecord。

• handle - 指向檔案的控制代碼，或作為字串的檔案名稱

  （請注意，舊版本的 Biopython 只接受控制代碼）。

• format - 描述檔案格式的字串。

此函數用於解析只包含一個記錄的表型檔案。例如，讀取 PM JSON 檔案

>>> from Bio import phenotype
>>> record = phenotype.read("phenotype/Plate.json", "pm-json")
>>> print("ID %s" % record.id)
ID PM01
>>> print("Number of wells %i" % len(record))
Number of wells 96

如果控制代碼不包含任何記錄，或包含多個記錄，則會引發例外。例如

from Bio import phenotype
record = phenotype.read("plates.csv", "pm-csv")
Traceback (most recent call last):
...
ValueError: More than one record found in handle

然而，如果您想要從包含多個記錄的檔案中取得第一個記錄，此函數會引發例外（如以上範例所示）。請改用

>>> from Bio import phenotype
>>> record = next(phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"))
>>> print("First record's ID %s" % record.id)
First record's ID PM01

如果您想要從控制代碼讀取多個記錄，請使用 Bio.phenotype.parse(handle, format) 函數。