Bio.ExPASy 套件

模組內容

用於透過 WWW 存取 ExPASy 資源的程式碼。

函式

get_prodoc_entry 介面，用於存取 get-prodoc-entry CGI 腳本。
get_prosite_entry 介面，用於存取 get-prosite-entry CGI 腳本。
get_prosite_raw 介面，用於存取 get-prosite-raw CGI 腳本。
get_sprot_raw 介面，用於存取 get-sprot-raw CGI 腳本。

Bio.ExPASy.get_prodoc_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry')

取得 ExPASy 上 PRODOC 條目的 HTML 格式文字句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prodoc_entry('PDOC00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprodocrecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprodocrecord.html")  # tidy up

對於不存在的鍵值 XXX，ExPASy 會傳回一個 HTML 格式的頁面，其中包含以下文字：「目前沒有 PROSITE 條目適用於」

Bio.ExPASy.get_prosite_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry')

取得 ExPASy 上 PROSITE 條目的 HTML 格式文字句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prosite_entry('PS00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprositerecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprositerecord.html")  # tidy up

對於不存在的鍵值 XXX，ExPASy 會傳回一個 HTML 格式的頁面，其中包含以下文字：「目前沒有 PROSITE 條目適用於」

Bio.ExPASy.get_prosite_raw(id, cgi=None)

取得 ExPASy 上原始 PROSITE 或 PRODOC 記錄的文字句柄。

由於 ExPASy 網站的變更，cgi 引數已棄用。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio.ExPASy import Prosite
>>> with ExPASy.get_prosite_raw('PS00001') as handle:
...     record = Prosite.read(handle)
...
>>> print(record.accession)
PS00001

如果識別符不存在，此函式會引發 ValueError。

>>> handle = ExPASy.get_prosite_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find entry 'DOES_NOT_EXIST' on ExPASy

Bio.ExPASy.get_sprot_raw(id)

取得 ExPASy 上原始 SwissProt 條目的文字句柄。

對於 ID 為 XXX，會抓取 http://www.uniprot.org/uniprot/XXX.txt（根據 https://www.expasy.org/expasy_urls.html 文件）。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio import SwissProt
>>> with ExPASy.get_sprot_raw("O23729") as handle:
...     record = SwissProt.read(handle)
...
>>> print(record.entry_name)
CHS3_BROFI

如果識別符不存在，此函式會引發 ValueError。

>>> ExPASy.get_sprot_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find SwissProt entry 'DOES_NOT_EXIST'

Bio.ExPASy 套件

子模組

模組內容