Bio.SCOP 套件

模組內容

SCOP：蛋白質結構分類。

SCOP 資料庫旨在提供手動構建的分類，將所有已知的蛋白質結構分類成一個層次結構，其主要層級為家族、超家族和摺疊。

「SCOP」：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/
「簡介」：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/intro.html
「SCOP 可解析檔案」：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/parse/

此模組中的 Scop 物件代表整個 SCOP 分類。它可以從三個 SCOP 可解析檔案建立，修改後可以轉換回相同的檔案格式。單一 SCOP 結構域（由 Domain 類別表示）可以使用結構域的 SCOP 識別符 (sid) 從 Scop 取得。

nodeCodeDict – 已知的 2 個字母節點代碼與較長描述之間的映射。
已知的節點類型為 'cl' (類別)、'cf' (摺疊)、'sf' (超家族)、'fa' (家族)、'dm' (結構域)、'sp' (物種)、'px' (結構域)。未來可能會新增其他節點類型。

此模組也提供透過 WWW 存取 SCOP 的程式碼。

函式

search – 存取主要的 CGI 指令碼（已棄用，不再可用）。
_open – 內部使用的函式。

Bio.SCOP.cmp_sccs(sccs1, sccs2)

排序 SCOP 簡潔分類字串 (sccs)。

a.4.5.1 < a.4.5.11 < b.1.1.1

sccs (例如 a.4.5.11) 緊湊地表示結構域的分類。字母表示類別，數字分別表示摺疊、超家族和家族。

Bio.SCOP.parse_domain(term)

將 ASTRAL 標頭字串轉換為 Scop 結構域。

ASTRAL (http://astral.stanford.edu/) 標頭包含 SCOP 結構域的簡潔描述。當 Domain 物件轉換為字串時，會使用非常相似的格式。此方法傳回的 Domain 包含大部分 SCOP 資訊，但它不會位於 SCOP 層次結構內（即父節點將為 None）。描述由 SCOP 蛋白質和物種描述組成。

典型的 ASTRAL 標頭如下所示 – >d1tpt_1 a.46.2.1 (1-70) 胸腺嘧啶核苷磷酸化酶 {大腸桿菌}

class Bio.SCOP.Scop(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

基底：object

整個 SCOP 層次結構。

root – 層次結構的根節點

__init__(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

從 SCOP 可解析檔案或 SQL 後端建立 SCOP 層次結構。

如果未提供任何檔案控制代碼，則會傳回具有單一空白根節點的 Scop 物件。

如果給定目錄和版本（使用 dir_path=..，version=…）或每個檔案的檔案控制代碼，則整個 scop 樹狀結構將在記憶體中建立。

如果給定 MySQLdb 資料庫控制代碼，則將根據需要建立樹狀結構，最大限度地減少建構時間。要建立 SQL 資料庫到方法 write_xxx_sql 以建立表格。

getRoot(): 取得根節點。

getDomainBySid(sid): 從其 sid 傳回結構域。

getNodeBySunid(sunid): 從其 sunid 傳回節點。

getDomains(): 傳回所有 SCOP 結構域的排序元組。

write_hie(handle): 從此物件建立 HIE SCOP 可解析檔案。

write_des(handle): 從此物件建立 DES SCOP 可解析檔案。

write_cla(handle): 從此物件建立 CLA SCOP 可解析檔案。

getDomainFromSQL(sunid=None, sid=None): 使用 sunid 或 sid 從 SQL 後端載入節點。

getAscendentFromSQL(node, type): 使用 SQL 後端取得上層節點。

getDescendentsFromSQL(node, type)

使用資料庫後端取得節點的下層節點。

這避免重複迭代 SQL 呼叫，因此比重複呼叫 node.getChildren() 快得多。

write_hie_sql(handle): 將 HIE 資料寫入 SQL 資料庫。

write_cla_sql(handle): 將 CLA 資料寫入 SQL 資料庫。

write_des_sql(handle): 將 DES 資料寫入 SQL 資料庫。

class Bio.SCOP.Node(scop=None)

基底：object

SCOP 層級結構中的節點。

屬性

sunid – SCOP 唯一識別碼。例如 ‘14986’
parent – 父節點
children – 子節點的列表
sccs – SCOP 簡潔分類字串。例如 ‘a.1.1.2’
type – 雙字母節點類型代碼。例如，用於結構域的 ‘px’
description – 描述文字。

__init__(scop=None)

初始化 SCOP 層級結構中的節點。

如果建構函式提供了 Scop 實例，則將使用它透過 SQL 方法查詢相關參考。如果沒有提供實例，則假設整個樹狀結構存在並且已連接。

__str__(): 將節點表示為字串。

toHieRecord(): 回傳 Hie.Record。

toDesRecord(): 回傳 Des.Record。

getChildren(): 回傳此節點的子節點列表。

getParent(): 回傳此節點的父節點。

getDescendents(node_type)

回傳指定類型之所有後代節點的列表。

節點類型可以是雙字母代碼或較長的描述，例如 ‘fa’ 或 ‘family’。

getAscendent(node_type)

回傳指定類型的祖先節點，如果沒有則回傳 None。

節點類型可以是雙字母代碼或較長的描述，例如 ‘fa’ 或 ‘family’。

class Bio.SCOP.Domain(scop=None)

基底類別：Node

一個 SCOP 結構域。SCOP 層級結構中的葉節點。

屬性

sid - SCOP 結構域識別碼。例如 "d5hbib_"
residues - Residue 物件。它定義了組成此結構域的 PDB 原子集合。

__init__(scop=None): 初始化一個 SCOP 結構域物件。

__str__(): 將 SCOP 結構域表示為字串。

toDesRecord(): 回傳 Des.Record。

toClaRecord(): 回傳 Cla.Record。

class Bio.SCOP.Astral(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

基底：object

ASTRAL 資料庫的表示。

ASTRAL 資料庫的抽象化，它具有所有 SCOP 結構域的序列，以及按百分比 ID 或 E 值進行的聚類。

__init__(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

初始化 astral 資料庫。

您必須提供 SCOP 檔案的目錄

dir_path - 字串，scopseq-x.xx 目錄所在位置的路徑
（不是目錄本身），以及
version - 版本號碼。

或者，一個 FASTA 檔案

astral_file - 字串，fasta 檔案的路徑（將載入記憶體）

或者，一個 MYSQL 資料庫

db_handle - MYSQL 資料庫的資料庫控制代碼，其中包含一個具有 astral 資料的 ‘astral’ 表格。可以使用 writeToSQL 建立此資料庫。

domainsClusteredByEv(id): 取得按 E 值聚類的結構域。

domainsClusteredById(id): 取得按百分比一致性聚類的結構域。

getAstralDomainsFromFile(filename=None, file_handle=None): 從包含 sid 列表的檔案中取得 scop 結構域。

getAstralDomainsFromSQL(column)

從 MySQL 資料庫載入 ASTRAL 結構域。

從 MYSQL 資料庫的 astral 表格中的資料行載入一組 astral 結構域 (可以使用 writeToSQL(...) 建立)。

getSeqBySid(domain): 從其 sid 取得給定結構域的 seq 記錄。

getSeq(domain): 回傳與結構域相關的 seq。

hashedDomainsById(id): 取得以字典形式按序列一致性聚類的結構域。

hashedDomainsByEv(id): 取得以字典形式按 E 值聚類的結構域。

isDomainInId(dom, id): 如果結構域位於百分比 ID 的星際叢集中，則返回 true。

isDomainInEv(dom, id): 如果結構域位於 e-value 的 ASTRAL 叢集中，則返回 true。

writeToSQL(db_handle): 將 ASTRAL 資料庫寫入 MYSQL 資料庫。

Bio.SCOP.search(pdb=None, key=None, sid=None, disp=None, dir=None, loc=None, cgi='http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/search.cgi', **keywds)

存取 SCOP 搜尋並傳回結果的句柄 (已棄用)。

存取 search.cgi 並傳回結果的句柄。有關參數的說明，請參閱線上說明檔案：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/help.html

如果發生網路錯誤，則引發 IOError。

此函數現在已棄用，將在 Biopython 的未來版本中移除，因為此 search.cgi API 不再可用，SCOP 現在託管在 EBI 上。

Bio.SCOP 套件

子模組

模組內容