Bio.PDB.Entity 模組
Residue、Chain、Model 和 Structure 類別的基本類別。
它是一個簡單的容器類別，具有類似列表和字典的屬性。
- class Bio.PDB.Entity.Entity(id)
基底：
Generic[_Parent,_Child]PDB 層次結構的基本容器物件。
Structure、Model、Chain 和 Residue 是 Entity 的子類別。它處理儲存和查找。
- level: str
- __init__(id)
初始化類別。
- parent: _Parent | None
- child_list: list[_Child]
- child_dict: dict[Any, _Child]
- __len__()
傳回子項的數量。
- __getitem__(id)
傳回具有給定 id 的子項。
- __delitem__(id)
移除子項。
- __contains__(id)
檢查是否存在具有給定 id 的子元素。
- __iter__()
迭代處理子項。
- __eq__(other)
測試相等性。這會比較包含所有父項 ID 的 full_id。
- __ne__(other)
測試不相等性。
- __gt__(other)
測試大於。
- __ge__(other)
測試大於或等於。
- __lt__(other)
測試小於。
- __le__(other)
測試小於或等於。
- __hash__()
雜湊方法以允許唯一性 (集合)。
- property id
傳回識別碼。
- strictly_equals(other: _Self, compare_coordinates: bool = False) bool
比較此實體與另一個實體是否相等。
遞迴比較此實體的子項與另一個實體的子項。比較大多數屬性，包括名稱和 ID。
- 參數:
other (Entity) – 要與此實體比較的實體
compare_coordinates (bool) – 是否比較原子座標
- 傳回:
兩個實體是否完全相等
- 傳回類型:
bool
- get_level()
傳回層次結構中的層級。
A - 原子 R - 殘基 C - 鏈 M - 模型 S - 結構
- set_parent(entity: _Parent)
設定父 Entity 物件。
- detach_parent()
分離父項。
- detach_child(id)
移除子項。
- add(entity: _Child)
將子項加入 Entity。
- insert(pos: int, entity: _Child)
在指定位置將子項加入 Entity。
- get_iterator()
傳回子項的迭代器。
- get_list()
傳回子項列表的副本。
- has_id(id)
檢查是否存在具有給定 id 的子項。
- get_parent()
傳回父 Entity 物件。
- get_id()
傳回 id。
- get_full_id()
傳回完整的 ID。
完整的 ID 是一個元組，包含從頂層物件 (Structure) 一直到目前物件的所有 ID。例如，Residue 物件的完整 ID 看起來會像這樣：
(“1abc”, 0, “A”, (” “, 10, “A”))
這對應到：
ID 為 “1abc” 的 Structure、ID 為 0 的 Model、ID 為 “A” 的 Chain，以及 ID 為 (” “, 10, “A”) 的 Residue。
Residue 的 ID 表示該殘基不是雜原子殘基（或水分子），因為它的雜原子欄位為空白，其序列識別碼為 10，插入碼為 “A”。
- transform(rot, tran)
將旋轉和平移套用到原子座標。
- 參數:
rot (3x3 NumPy 陣列) – 右乘旋轉矩陣
tran (大小為 3 的 NumPy 陣列) – 平移向量
範例
這是一個不完整但具說明性的範例
from numpy import pi, array from Bio.PDB.vectors import Vector, rotmat rotation = rotmat(pi, Vector(1, 0, 0)) translation = array((0, 0, 1), 'f') entity.transform(rotation, translation)
- center_of_mass(geometric=False)
以 NumPy 陣列形式傳回 Entity 的質心。
如果 geometric 為 True，則改為傳回幾何中心。
- copy()
遞迴複製實體。
- __annotations__ = {'child_dict': dict[typing.Any, ~_Child], 'child_list': list[~_Child], 'level': <class 'str'>, 'parent': typing.Optional[~_Parent]}
- __orig_bases__ = (typing.Generic[~_Parent, ~_Child],)
- __parameters__ = (~_Parent, ~_Child)
- class Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper(id)
基底類別：
object用於將等效實體分組的包裝類別。
此類別是一個簡單的包裝類別，可將多個等效實體分組，並將所有方法呼叫轉發到其中一個（目前選取的物件）。DisorderedResidue 和 DisorderedAtom 是此類別的子類別。
例如：DisorderedAtom 物件包含多個 Atom 物件，其中每個 Atom 物件代表結構中無序原子的特定位置。
- __init__(id)
初始化類別。
- __getattr__(method)
將方法呼叫轉發到選取的子項。
- __getitem__(id)
傳回具有指定 ID 的子項。
- __setitem__(id, child)
新增一個與特定 ID 相關聯的子項。
- __contains__(id)
檢查子項是否具有給定的 ID。
- __iter__()
傳回子項的數量。
- __len__()
傳回子項的數量。
- __sub__(other)
與另一個物件做減法。
- __gt__(other)
如果子項大於另一個，則傳回 True。
- __ge__(other)
如果子項大於或等於另一個，則傳回 True。
- __lt__(other)
如果子項小於另一個，則傳回 True。
- __le__(other)
如果子項小於或等於另一個，則傳回 True。
- copy()
遞迴複製無序實體。
- get_id()
傳回 id。
- strictly_equals(other: DisorderedEntityWrapper, compare_coordinates: bool = False) bool
使用嚴格的相等定義，將此實體與另一個實體進行比較。
遞迴比較此實體的子項與另一個實體的子項。比較大多數屬性，包括選取的子項、名稱和 ID。
- 參數:
other (DisorderedEntityWrapper) – 要與此實體比較的實體
compare_coordinates (bool) – 是否比較原子座標
- 傳回:
兩個實體是否完全相等
- 傳回類型:
bool
- disordered_has_id(id)
檢查是否有與此 ID 關聯的物件存在。
- detach_parent()
分離父項。
- get_parent()
傳回父物件。
- set_parent(parent)
設定物件及其子項的父物件。
- disordered_select(id)
選取具有指定 ID 的物件做為目前作用中的物件。
未捕獲的方法呼叫會轉發到選取的子物件。
- disordered_add(child)
新增無序的項目。
這是由 DisorderedAtom 和 DisorderedResidue 實作。
- disordered_remove(child)
移除無序的條目。
這是由 DisorderedAtom 和 DisorderedResidue 實作。
- is_disordered()
回傳 2，表示此實體是一個實體的集合。
- disordered_get_id_list()
回傳 ID 的列表。
- disordered_get(id=None)
取得與 ID 相關聯的子物件。
如果 ID 為 None，則回傳目前選取的子物件。
- disordered_get_list()
回傳子物件的列表。