Bio.PDB.PICIO 模組

PICIO：讀取和寫入蛋白質內部座標（.pic）數據檔案。

Bio.PDB.PICIO.read_PIC(file: TextIO, verbose: bool = False, quick: bool = False, defaults: bool = False) → Structure

從檔案載入蛋白質內部座標（.pic）數據。

PIC 檔案格式

  • 註解行以 # 開頭

  • （可選）PDB HEADER 記錄

    • 建議使用 idcode 和沉積日期，但為可選

    • 沉積日期為 PDB 格式或經 Biopython 變更後的格式

  • （可選）PDB TITLE 記錄

  • 重複

    • Biopython 殘基完整 ID - 設定回傳結構的殘基 ID

    • （可選）鏈起始的 PDB N、CA、C ATOM 記錄

    • （可選）殘基的 PIC Hedra 記錄

    • （可選）殘基的 PIC Dihedra 記錄

    • （可選）列出 AtomKeys 和 b 因子的 BFAC 記錄

一個改進之處是定義 HOH（水）條目的相對位置。

如果 defaults=True，將會為任何值提供預設值。預設值在 ic_data.py 中提供，但是結構會隨著任何偏離真實座標的偏差而迅速降級。使用 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags 選項進行實驗，並使用 write_PIC() 驗證這一點。

注意：如果存在 O，則組裝中會忽略雙面角 (i-1)C-N-CA-CB。

預設情況下，C-beta 使用 O-C-CA-CB 放置，但某些 PDB 檔案殘基中缺少 O，這意味著側鏈無法放置。提供了備用 CB 路徑 (i-1)C-N-CA-CB 來規避這個問題，但如果需要這個路徑，則必須與 PHI ((i-1)C-N-CA-C) 結合調整，因為它們重疊（請參閱 bond_set() 和 bond_rotate() 來自動處理）。

參數:

  • file (Bio.File) – as_handle() 檔案名稱或處理程式

  • verbose (bool) – 當行不符合預期時發出警告

  • quick (bool) – 不檢查所有雙面角的殘基（無預設值）

  • defaults (bool) – 從參考資料庫建立所需的雙面/四面角。如果 'H' 在 IC_Residue.accept_atoms 中，則建立醯胺質子

回傳值:

Biopython 結構物件，具有 .internal_coord 屬性的殘基，但沒有座標，除非提供了鏈起始 N、CA、C 原子，或者在解析失敗時回傳 None（除非 verbose=True，否則為靜音）

Bio.PDB.PICIO.read_PIC_seq(seqRec: SeqRecord, pdbid: str | None = None, title: str | None = None, chain: str | None = None) → Structure

將 SeqRecord 讀取到具有預設內部座標的結構中。

Bio.PDB.PICIO.enumerate_atoms(entity)

確保實體中的所有原子都設定了 serial_number。

Bio.PDB.PICIO.pdb_date(datestr: str) → str

將 yyyy-mm-dd 日期轉換為 dd-month-yy。

Bio.PDB.PICIO.write_PIC(entity, file, pdbid=None, chainid=None, picFlags: int = IC_Residue.picFlagsDefault, hCut: float | None = None, pCut: float | None = None)

將蛋白質內部座標（PIC）寫入檔案。

有關檔案格式，請參閱 read_PIC()。請參閱 IC_Residue.pic_accuracy 以變更數值精確度。遞迴至較低的實體層級（M、C、R）。

參數:

  • entity (Entity) – Biopython PDB 實體物件：S、M、C 或 R

  • file (Bio.File) – as_handle() 檔案名稱或處理程式

  • pdbid (str) – PDB idcode，如果未提供，則從實體讀取

  • chainid (char) – PDB 鏈 ID，從 C 級實體 entity.id 設定（如果需要）

  • picFlags (int) –

    控制輸出的布林旗標，在 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags 中定義

    • ”psi”,

    • ”omg”,

    • ”phi”,

    • ”tau”, # tau 四面角 (N-Ca-C)

    • ”chi1”,

    • ”chi2”,

    • ”chi3”,

    • ”chi4”,

    • ”chi5”,

    • ”pomg”, # 脯胺酸 omega

    • ”chi”, # chi1 到 chi5

    • ”classic_b”, # psi | phi | tau | pomg

    • ”classic”, # classic_b | chi

    • ”hedra”, # 包括鍵長的所有四面角

    • ”primary”, # 所有主要雙面角

    • ”secondary”, # 所有次要雙面角（來自主要雙面角的固定角度）

    • ”all”, # hedra | primary | secondary

    • ”initAtoms”, # 初始 Tau (N-Ca-C) 的 XYZ 座標

    • ”bFactors”

    預設為全部

    picFlagsDefault = (
    pic_flags.all | pic_flags.initAtoms | pic_flags.bFactors
)

    在您的程式碼中使用

    # just primary dihedra and all hedra
picFlags = (
    IC_Residue.pic_flags.primary | IC_Residue.pic_flags.hedra
)

# no B-factors:
picFlags = IC_Residue.picFlagsDefault
picFlags &= ~IC_Residue.pic_flags.bFactors

    使用 (defaults=True) 的 read_PIC() 將會為任何遺漏的內容使用預設值

  • hCut (float) – 預設為 None，僅寫入參考資料庫角度標準差大於此值的四面角

  • pCut (float) – 預設為 None，僅寫入參考資料庫角度標準差大於此值的主要雙面角

預設值:

資料取自 2019 年 9 月 Dunbrack cullpdb_pc20_res2.2_R1.0。

請參閱

PISCES：蛋白質序列剔除伺服器

‘G. Wang 和 R. L. Dunbrack, Jr. PISCES：一個蛋白質序列篩選伺服器。生物資訊學，19:1589-1591, 2003。’

在 ic_data.py 中定義了「主要」和「次要」二面角。具體來說，次要二面角可以被確定為從另一個已知角度的固定旋轉，例如 N-Ca-C-O 可以從 N-Ca-C-N (psi) 估計。

標準差列在 <biopython distribution>/Bio/PDB/ic_data.py 中作為預設值，可以用來限制哪些 hedra 和 dihedra 使用預設值，而不是從結構輸出精確測量值（請參閱上方的 hCut 和 pCut）。主要二面角（psi、phi、omega、chi1 等）的預設值選擇為最常見的整數值，而不是平均值。

引發:

  • PDBException – 如果實體層級為 A（原子）

  • Exception – 如果實體沒有 .level 屬性