Bio.CAPS 套件

模組內容

切割擴增多態性序列 (CAPS) 標記。

CAPS 標記是指下面描述的 DifferentialCutsite 位置，以及一組可用於視覺化此位置的引子。更多資訊可以在論文 Konieczny and Ausubel (1993) (PMID 8106085) 中找到。

class Bio.CAPS.DifferentialCutsite(**kwds)

基底類別：object

比對中不同的酵素切割位點。

不同的切割位點是指在比對中，某酵素至少切割一個序列，且不能切割至少另一個序列的位置。

成員

• start - 它在比對中的位置。

• enzyme - 導致此狀況的酵素。

• cuts_in - 酵素切割的序列列表（以比對中的索引表示）。

• blocked_in - 酵素無法切割的序列列表（以比對中的索引表示）。

__init__(**kwds)

初始化 DifferentialCutsite。

每個成員（如類別描述中所列）都應作為關鍵字包含在內。

exception Bio.CAPS.AlignmentHasDifferentLengthsError

基底類別：Exception

比對中序列長度不同的例外。

class Bio.CAPS.CAPSMap(alignment, enzymes=None)

基底類別：object

顯示所有可能 dcut 的比對圖。

成員

• alignment - 映射的比對。

• dcuts - 可能的 CAPS 標記列表，形式為 DifferentialCutsites。

__init__(alignment, enzymes=None)

初始化 CAPSMap。

必要

• alignment - 要映射的比對。

選用

• enzymes - 用於建立映射的酵素列表。預設為空列表。