Bio.Medline 套件

模組內容

用以處理來自 NCBI 的 Medline 資料的程式碼。

類別

  • Record 一個保存 Medline 資料的字典。

函式

  • read 讀取一個 Medline 記錄

  • parse 允許您迭代處理多個 Medline 記錄

class Bio.Medline.Record

基底類別： dict

一個保存來自 Medline 記錄的資訊的字典。

所有資料都儲存在 Medline 檔案中出現的助記符下。這些助記符具有以下解釋

助記符

描述

AB

摘要

CI

版權資訊

AD

單位

IRAD

研究人員單位

AID

文章識別碼

AU

作者

FAU

完整作者

CN

公司作者

DCOM

完成日期

DA

建立日期

LR

最後修訂日期

DEP

電子出版日期

DP

出版日期

EDAT

Entrez 日期

GS

基因符號

GN

一般註記

GR

補助金編號

IR

研究人員姓名

FIR

完整研究人員姓名

IS

ISSN

IP

期

TA

期刊標題縮寫

JT

期刊標題

LA

語言

LID

位置識別碼

MID

手稿識別碼

MHDA

MeSH 日期

MH

MeSH 詞彙

JID

NLM 唯一 ID

RF

參考文獻數量

OAB

其他摘要

OCI

其他版權資訊

OID

其他 ID

OT

其他詞彙

OTO

其他詞彙擁有者

OWN

擁有者

PG

分頁

PS

作為主題的個人姓名

FPS

作為主題的完整個人姓名

PL

出版地點

PHST

出版歷史狀態

PST

出版狀態

PT

出版類型

PUBM

出版模型

PMC

PubMed Central 識別碼

PMID

PubMed 唯一識別碼

RN

登錄號碼/EC 號碼

NM

物質名稱

SI

次要來源 ID

SO

來源

SFM

太空飛行任務

STAT

狀態

SB

子集

TI

標題

TT

音譯標題

VI

卷

CON

評論關於

CIN

評論在

EIN

勘誤在

EFR

勘誤對於

CRI

在重新修正和重新出版

CRF

從重新修正和重新出版

PRIN

部分撤回在

PROF

部分撤回於

RPI

重新出版在

RPF

從重新出版

RIN

撤回在

ROF

撤回於

UIN

更新在

UOF

更新於

SPIN

病患摘要在

ORI

原始報告在
Bio.Medline.parse(handle)

從 handle 逐一讀取 Medline 記錄。

handle 可以是 Medline 檔案、類似檔案的物件或描述一個或多個 Medline 記錄的行列表。

典型用法

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result2.txt") as handle:
...     records = Medline.parse(handle)
...     for record in records:
...         print(record['TI'])
...
A high level interface to SCOP and ASTRAL ...
GenomeDiagram: a python package for the visualization of ...
Open source clustering software.
PDB file parser and structure class implemented in Python.
Bio.Medline.read(handle)

從 handle 讀取單個 Medline 記錄。

handle 可以是 Medline 檔案、類似檔案的物件或描述一個 Medline 記錄的行列表。

典型用法

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result1.txt") as handle:
...     record = Medline.read(handle)
...     print(record['TI'])
...
The Bio* toolkits--a brief overview.