Bio.PDB.Chain 模組

Chain 類別，用於 Structure 物件。

class Bio.PDB.Chain.Chain(id)

基底類別：Entity[Model, Residue]

定義 Chain 類別。

Chain 是一個 Entity 類型的物件，儲存殘基並包含從殘基存取原子的方法。

__init__(id)

初始化類別。

__gt__(other)

驗證 id 是否大於 other.id。

__ge__(other)

驗證 id 是否大於或等於 other.id。

__lt__(other)

驗證 id 是否小於 other.id。

__le__(other)

驗證 id 是否小於或等於 other.id。

__getitem__(id)

傳回具有指定 id 的殘基。

殘基的 id 是 (雜原子標記、序列識別碼、插入碼)。如果 id 是一個整數，則 _translate_id 方法會將其轉換為 (” “, id, “ “)。

引數

• id - (字串、整數、字串) 或整數

__contains__(id)

檢查此鏈中是否存在具有指定 id 的殘基。

引數

• id - (字串、整數、字串) 或整數

__delitem__(id)

刪除項目。

引數

• id - (字串、整數、字串) 或整數

__repr__()

傳回鏈識別碼。

get_unpacked_list()

傳回未排序殘基的清單。

某些 Residue 物件會隱藏幾個無序的殘基 (DisorderedResidue 物件)。這個方法會將它們解包，也就是說，它會傳回簡單 Residue 物件的清單。

has_id(id)

如果存在具有指定 id 的殘基，則傳回 1。

殘基的 id 是 (雜原子標記、序列識別碼、插入碼)。

如果 id 是一個整數，則 _translate_id 方法會將其轉換為 (” “, id, “ “)。

引數

• id - (字串、整數、字串) 或整數

get_residues()

傳回殘基。

get_atoms()

從殘基傳回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) → None

從原子 X、Y、Z 座標建立/更新內部座標。

內部座標是鍵長、角度和二面角。

參數:

bool (verbose) – 預設值為 False，描述執行階段問題

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False, start: int | None = None, fin: int | None = None)

從內部座標建立/更新原子座標。

參數:

bool (verbose) – 預設值為 False，描述執行階段問題

參數:

start，fin 整數，可選的序列位置，用於處理子區域的開始和結束。注意：這會啟動串列殘基組裝，<start> 殘基 CA 將位於原點

引發:

Exception – 如果任何鏈不具有 .internal_coord 屬性

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Model'), ForwardRef('Residue')],)

__parameters__ = ()