Biopython 教學與食譜

署名作者：Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczyński。

這是來自 Biopython 1.84。

目錄

• 簡介
• 快速開始 – 你可以用 Biopython 做什麼？
• 序列物件
• 序列註解物件
• 序列輸入/輸出
• 序列比對
• 成對序列比對
• 多重序列比對物件
• 使用 pairwise2 進行成對比對
• BLAST (新)
• BLAST (舊)
• BLAST 和其他序列搜尋工具
• 存取 NCBI 的 Entrez 資料庫
• Swiss-Prot 和 ExPASy
• 進入 3D：PDB 模組
• Bio.PopGen：族群遺傳學
• 使用 Bio.Phylo 進行親緣關係分析
• 使用 Bio.motifs 進行序列基序分析
• 集群分析
• 圖形，包括 GenomeDiagram
• KEGG
• Bio.phenotype：分析表型數據
• 食譜 – 使用它做很酷的事情
• Biopython 測試框架
• 從這裡開始 – 為 Biopython 貢獻
• 附錄：關於 Python 的實用內容
• 參考文獻