Bio.Pathway 套件
子套件
模組內容
BioPython Pathway 模組。
Bio.Pathway 是一個輕量級的類別庫，旨在支援以下任務
途徑資料庫和分析軟體之間的資料交換和預處理。
快速建立途徑分析演算法的原型
Bio.Pathway 模型中的基本物件是 Interaction，它表示任意數量生物化學物種之間的任意互動。
網路物件用於表示途徑和反應網路中物種之間的連線。
對於不需要明確表示網路連線的應用，應使用特殊的 Reaction 和 System 類別來代替 Interacton 和 Network。
Bio.Pathway 類別，尤其是 Interaction，是故意設計成非常靈活的。它們的預期用途是作為資料庫特定記錄（例如 BIND 物件）的包裝器。此模組的附加價值在於一個框架，以支援圖論和數值分析的方式表示反應集合。
- 注意：此模組應僅視為原型。API 可能會變更。
非常歡迎提出意見和功能請求。
- class Bio.Pathway.Reaction(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
基底：
object生化轉換的抽象概念。
這個類別表示一種（可能可逆的）生化轉換，類型如下
a S1 + b S2 + ... --> c P1 + d P2 + ...
- 其中
a、b、c、d ... 是正的數字化學計量係數，
S1、S2、… 是受質
P1、P2、… 是產物
應將反應視為一個或多個獨立反應步驟的淨結果，其中每個步驟都可能由不同的催化劑促進。對「反應代數」的支援將在未來的某個時間點加入。
- 屬性
reactants – 以化學計量係數表示的相關物種字典：reactants[S] = S 的化學計量常數
catalysts – 此反應所需的催化劑的元組清單/元組
reversible – 如果反應可逆則為 true
data – 參考任意的額外資料
- 不變數
對於 reactants 中的所有 S：reactants[S] != 0
對於 catalysts 中的所有 C：catalysts[C] != 0
- __init__(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
初始化新的 Reaction 物件。
- __eq__(r)
如果 self 等於 r，則傳回 true。
- __hash__()
傳回 self 的雜湊碼。
- __repr__()
傳回 self 的除錯字串表示。
- __str__()
傳回 self 的字串表示。
- reverse()
傳回一個新的 Reaction，它是 self 的反向。
- species()
傳回 self 中所有相關 Species 的清單。
- class Bio.Pathway.System(reactions=())
基底：
object反應集合的抽象概念。
此類別在 Bio.Pathway 架構中用於表示任意反應集合，而沒有明確定義的連結。
- 屬性
無
- __init__(reactions=())
初始化新的 System 物件。
- __repr__()
傳回 self 的除錯字串表示。
- __str__()
傳回 self 的字串表示。
- add_reaction(reaction)
將 reaction 新增至 self。
- remove_reaction(reaction)
從 self 中移除 reaction。
- reactions()
傳回此系統中反應的清單。
請注意，順序是任意的！
- species()
傳回此系統中物種的清單。
- stochiometry()
計算 self 的化學計量矩陣。
- 傳回 (species, reactions, stoch)，其中
species = 此系統中物種的排序清單
reactions = 此系統中反應的排序清單
stoch = 2D 陣列，其中 stoch[i][j] 是由上述物種和反應定義的第 i 個反應中第 j 個物種的係數
- class Bio.Pathway.Interaction
基底：
object任意數量物種之間的任意互動。
此類別定義僅作為一個最小包裝器介面，應由更具體的抽象概念來實作和擴充。
- 屬性
data – 參考任意的額外資料
- __hash__()
傳回 self 的雜湊碼。
- __repr__()
傳回 self 的除錯字串表示。
- __str__()
傳回 self 的字串表示。
- class Bio.Pathway.Network(species=())
基底：
object一組透過互動明確連結的物種。
該網路是一個具有標記邊的有向多重圖。圖中的節點是相關的生物化學物種。邊表示兩個物種之間的互動，邊標籤是指向相關 Interaction 物件的參考。
- 屬性
無
- __init__(species=())
初始化一個新的 Network 物件。
- __repr__()
返回此網路的除錯字串表示法。
- __str__()
返回此網路的字串表示法。
- add_species(species)
將物種加入此網路。
- add_interaction(source, sink, interaction)
將交互作用加入此網路。
- source(species)
返回物種的唯一來源列表。
- source_interactions(species)
返回物種的 (來源, 交互作用) 對列表。
- sink(species)
返回物種的唯一匯列表。
- sink_interactions(species)
返回物種的 (匯, 交互作用) 對列表。
- species()
返回此網路中的物種列表。
- interactions()
返回此網路中的唯一交互作用列表。