Bio.Compass 套件

模組內容

用於處理 COMPASS 輸出的程式碼,COMPASS 是一個用於比較 profile/profile 的程式。

Compass 的描述如下:

Sadreyev R, Grishin N. COMPASS: a tool for comparison of multiple protein alignments with assessment of statistical significance. J Mol Biol. 2003 Feb 7;326(1):317-36.

已使用 COMPASS 1.24 測試。

Bio.Compass.read(handle)

讀取包含一個 COMPASS 記錄的 COMPASS 檔案。

Bio.Compass.parse(handle)

迭代 COMPASS 檔案中的記錄。

class Bio.Compass.Record

基底類別:object

保存來自一個 compass 命中結果的資訊。

Ali1 是查詢,Ali2 是命中結果。

__init__()

初始化類別。

query_coverage()

回傳比對中涵蓋的查詢長度。

hit_coverage()

回傳比對中涵蓋的命中結果長度。