Bio.Graphics 套件

子套件

• Bio.Graphics.GenomeDiagram 套件
  • 模組內容
    • 圖表
      • Diagram.__init__()
      • Diagram.set_all_tracks()
      • Diagram.draw()
      • Diagram.write()
      • Diagram.write_to_string()
      • Diagram.add_track()
      • Diagram.new_track()
      • Diagram.del_track()
      • Diagram.get_tracks()
      • Diagram.move_track()
      • Diagram.renumber_tracks()
      • Diagram.get_levels()
      • Diagram.get_drawn_levels()
      • Diagram.range()
      • Diagram.__getitem__()
      • Diagram.__str__()
    • 軌跡
      • Track.__init__()
      • Track.add_set()
      • Track.new_set()
      • Track.del_set()
      • Track.get_sets()
      • Track.get_ids()
      • Track.range()
      • Track.to_string()
      • Track.__getitem__()
      • Track.__str__()
    • 特徵集合
      • FeatureSet.__init__()
      • FeatureSet.add_feature()
      • FeatureSet.del_feature()
      • FeatureSet.set_all_features()
      • FeatureSet.get_features()
      • FeatureSet.get_ids()
      • FeatureSet.range()
      • FeatureSet.to_string()
      • FeatureSet.__len__()
      • FeatureSet.__getitem__()
      • FeatureSet.__str__()
    • 特徵
      • Feature.__init__()
      • Feature.set_feature()
      • Feature.get_feature()
      • Feature.set_colour()
      • Feature.set_color()
      • Feature.__getattr__()
    • 圖形集合
      • GraphSet.__init__()
      • GraphSet.new_graph()
      • GraphSet.del_graph()
      • GraphSet.get_graphs()
      • GraphSet.get_ids()
      • GraphSet.range()
      • GraphSet.data_quartiles()
      • GraphSet.to_string()
      • GraphSet.__len__()
      • GraphSet.__getitem__()
      • GraphSet.__str__()
    • 圖形資料
      • GraphData.__init__()
      • GraphData.set_data()
      • GraphData.get_data()
      • GraphData.add_point()
      • GraphData.quartiles()
      • GraphData.range()
      • GraphData.mean()
      • GraphData.stdev()
      • GraphData.__len__()
      • GraphData.__getitem__()
      • GraphData.__str__()
    • 交叉連結
      • CrossLink.__init__()
      • CrossLink.startA
      • CrossLink.endA
      • CrossLink.startB
      • CrossLink.endB
    • 色彩轉換器
      • ColorTranslator.__init__()
      • ColorTranslator.translate()
      • ColorTranslator.read_colorscheme()
      • ColorTranslator.get_artemis_colorscheme()
      • ColorTranslator.artemis_color()
      • ColorTranslator.get_colorscheme()
      • ColorTranslator.scheme_color()
      • ColorTranslator.int255_color()
      • ColorTranslator.float1_color()

子模組

• Bio.Graphics.BasicChromosome 模組
  • 生物
    • Organism.__init__()
    • Organism.draw()
  • 染色體
    • Chromosome.__init__()
    • Chromosome.subcomponent_size()
    • Chromosome.draw()
  • 染色體片段
    • ChromosomeSegment.__init__()
    • ChromosomeSegment.draw()
  • 註釋染色體片段
    • AnnotatedChromosomeSegment.__init__()
  • 端粒片段
    • TelomereSegment.__init__()
  • 間隔片段
    • SpacerSegment.draw()
• Bio.Graphics.ColorSpiral 模組
  • 色彩螺旋
    • ColorSpiral.__init__()
    • ColorSpiral.get_colors()
    • ColorSpiral.a
    • ColorSpiral.b
    • ColorSpiral.v_init
    • ColorSpiral.v_final
    • ColorSpiral.jitter
  • get_colors()
  • get_color_dict()
• Bio.Graphics.Comparative 模組
  • 比較散佈圖
    • ComparativeScatterPlot.__init__()
    • ComparativeScatterPlot.draw_to_file()
• Bio.Graphics.DisplayRepresentation 模組
  • 染色體計數
    • ChromosomeCounts.__init__()
    • ChromosomeCounts.add_count()
    • ChromosomeCounts.scale_segment_value()
    • ChromosomeCounts.add_label()
    • ChromosomeCounts.set_scale()
    • ChromosomeCounts.get_segment_info()
    • ChromosomeCounts.fill_chromosome()
• Bio.Graphics.Distribution 模組
  • 分布頁面
    • DistributionPage.__init__()
    • DistributionPage.draw()
  • 長條圖分布
    • BarChartDistribution.__init__()
    • BarChartDistribution.draw()
  • 折線分布
    • LineDistribution.__init__()
    • LineDistribution.draw()
• Bio.Graphics.KGML_vis 模組
  • 變暗()
  • color_to_reportlab()
  • get_temp_imagefilename()
  • KGML畫布
    • KGMLCanvas.__init__()
    • KGMLCanvas.draw()

模組內容

Bio.Graphics 提供多種圖形輸出，全部使用 ReportLab。