Bio.PDB.Residue 模組

Residue 類別，由 Structure 物件使用。

class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)

繼承自：Entity[Chain, Atom]

表示一個殘基。Residue 物件儲存原子。

__init__(id, resname, segid)

初始化類別。

__repr__()

回傳殘基的完整 id。

strictly_equals(other: _ResidueT, compare_coordinates: bool = False) → bool

使用嚴格的相等定義，比較此殘基與其他殘基。

如果殘基具有相同的名稱、識別符，且其組成的原子嚴格相等，則殘基相等。

參數：

• other (Residue) – 要與此殘基比較的殘基

• compare_coordinates (bool) – 是否比較原子的座標

回傳：

殘基是否嚴格相等

回傳類型：

bool

add(atom)

加入一個 Atom 物件。

檢查是否加入重複的原子，若有則引發 PDBConstructionException。

flag_disordered()

設定 disorder 旗標。

is_disordered()

如果殘基包含 disorder 原子，則回傳 1。

get_resname()

回傳殘基名稱。

get_unpacked_list()

回傳所有原子的清單，解開 DisorderedAtoms。

get_segid()

回傳區段識別符。

get_atoms()

回傳原子。

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Chain'), ForwardRef('Atom')],)

__parameters__ = ()

class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)

繼承自：DisorderedEntityWrapper

DisorderedResidue 是兩個或多個 Residue 物件的包裝器。

它用於表示點突變（例如，有一個 Ser 60 和一個 Cys 60 殘基，每個佔有率為 50%）。

__init__(id)

初始化類別。

__repr__()

回傳 disorder 殘基的完整識別符。

add(atom)

將原子加入殘基。

sort()

排序子 Residue 物件中的原子。

disordered_add(residue)

加入一個殘基物件，並使用其 resname 作為鍵。

參數

• residue - Residue 物件

disordered_remove(resname)

從 DisorderedResidue 中移除子殘基。

參數

• resname - 要移除的子殘基的名稱，以字串表示。