Bio.SCOP.Raf 模組
ASTRAL RAF (快速存取格式) 序列對應。
ASTRAL RAF 序列對應記錄了 PDB SEQRES 記錄（代表實驗中使用的分子序列）與 ATOM 記錄（代表實驗觀察到的原子）之間的關係。
此資料衍生自蛋白質資料庫 CIF 檔案。CIF 檔案中已知的錯誤會手動更正，如果出現差異，原始 PDB 檔案會作為最終仲裁。
殘基透過殘基 ID 參照。這包含 PDB 殘基序列號碼（最多 4 位數）和一個可選的 PDB 插入碼（一個 ascii 字母字元，a-z, A-Z）。例如「1」、「10A」、「1010b」、「-1」
請參閱「ASTRAL RAF 序列對應」：http://astral.stanford.edu/raf.html
字典 protein_letters_3to1_extended 提供從 PDB 檔案中找到的 3 字母胺基酸代碼到 1 字母代碼的對應。3 字母代碼包括化學修飾過的殘基。
- Bio.SCOP.Raf.normalize_letters(one_letter_code)
將 RAF 單字母胺基酸代碼轉換為 IUPAC 標準代碼。
字母會轉換為大寫，「.」（「未知」）會轉換為「X」。
- class Bio.SCOP.Raf.SeqMapIndex(filename)
基底：
dictRAF 檔案索引。
RAF 檔案本身約 50 MB。此索引提供 RAF 記錄的快速隨機存取，而無需將整個檔案載入記憶體。
索引鍵是 PDB ID 和鏈 ID 的串連。例如「2drcA」、
"155c_"。RAF 使用底線表示空白鏈 ID。- __init__(filename)
初始化 RAF 檔案索引。
- 引數
filename – 要索引的檔案
- __getitem__(key)
從索引檔案中傳回一個項目。
- getSeqMap(residues)
取得殘基集合的序列對應。
- 引數
residues – Residues 實例，或可轉換為 Residues 實例的字串。
- class Bio.SCOP.Raf.SeqMap(line=None)
基底：
objectASTRAL RAF (快速存取格式) 序列對應。
這是一個類似清單的物件；您可以使用 index() 找到特定殘基的位置、將此 SeqMap 切割成片段，並使用 extend() 將片段黏合在一起。
- 屬性
pdbid – PDB 4 字元 ID
pdb_datestamp – 來自 PDB 檔案
version – RAF 格式版本。例如 0.01
flags – RAF 旗標。（請參閱發行說明以取得更多資訊。）
res – Res 物件的清單，此序列對應中的每個殘基都有一個
- __init__(line=None)
初始化類別。
- index(resid, chainid='_')
傳回指定 resid 和 chainid 的 SeqMap 索引。
- __getitem__(index)
從 SeqMap 中擷取單個 Res 物件。
- append(res)
將另一個 Res 物件附加到殘基對應的清單上。
- extend(other)
將另一個 SeqMap 附加到 self 的末尾。
兩個 SeqMap 必須具有相同的 PDB ID、PDB 日期戳記和 RAF 版本。如果 RAF 旗標不一致，則會清除它們。當從不同鏈取得片段時，可能會發生這種情況。
- __iadd__(other)
就地新增 SeqMap 物件。
- __add__(other)
新增 SeqMap 物件。
- getAtoms(pdb_handle, out_handle)
從 PDB 檔案中擷取所有相關的 ATOM 和 HETATOM 記錄。
會掃描 PDB 檔案以尋找 ATOM 和 HETATOM 記錄。如果鏈 ID、殘基 ID（seqNum 和 iCode）和殘基類型與此序列對應中的殘基匹配，則會將記錄回顯到輸出控制代碼。
這通常用於尋找結構域或其他殘基子集的座標。
- 引數
pdb_handle – 相關 PDB 檔案的控制代碼。
out_handle – 所有輸出都會寫入此類似檔案的物件。
- class Bio.SCOP.Raf.Res
基底：
object來自 RAF 記錄的單個殘基對應。
- 屬性
chainid – 單個字元鏈 ID。
resid – 殘基 ID。
atom – 來自 ATOM 記錄的胺基酸單字母代碼。
seqres – 來自 SEQRES 記錄的胺基酸單字母代碼。
- __init__()
初始化類別。
- Bio.SCOP.Raf.parse(handle)
逐行迭代 RAF 檔案，為每行提供一個 SeqMap 物件。
- 引數
handle – 類似檔案的物件。