Bio.SCOP.Cla 模組

處理 SCOP 分類檔案,該檔案描述 SCOP 結構域。

檔案格式在 SCOP「版本說明」中描述:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html 最新的 CLA 檔案可以在「SCOP 的其他地方」找到:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/

「版本 1.73」: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73 (2008 年 7 月)

class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)

基底類別:object

保存一個 SCOP 結構域的資訊。

屬性
  • sid - SCOP 識別符。 例如:d1danl2

  • residues - 以 Residues 物件表示的結構域定義

  • sccs - SCOP 簡潔分類字串。 例如:b.1.2.1

  • sunid - 此結構域的 SCOP 唯一識別符

  • hierarchy - 一個字典,鍵值是節點類型,值是 sunid,描述此結構域在 SCOP 階層中的位置。有關節點類型的描述,請參閱 Scop 模組。在舊版本的 Biopython 中,這曾經是 (key,value) 元組的列表(請參閱 Bug 3109)。

__init__(line=None)

初始化類別。

__str__()

將 SCOP 分類記錄表示為以 Tab 分隔的字串。

Bio.SCOP.Cla.parse(handle)

將 CLA 檔案迭代為每行的 Cla 記錄。

引數
  • handle - 類檔案物件。

class Bio.SCOP.Cla.Index(filename)

基底類別:dict

一個以 SCOP 識別符索引的 CLA 檔案,用於快速隨機存取。

__init__(filename)

建立 CLA 索引。

引數
  • filename - 要索引的檔案

__getitem__(key)

從索引檔案中傳回一個項目。