Bio.SCOP.Cla 模組
處理 SCOP 分類檔案,該檔案描述 SCOP 結構域。
檔案格式在 SCOP「版本說明」中描述:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html 最新的 CLA 檔案可以在「SCOP 的其他地方」找到:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/
「版本 1.73」: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73 (2008 年 7 月)
- class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)
基底類別:
object
保存一個 SCOP 結構域的資訊。
- 屬性
sid - SCOP 識別符。 例如:d1danl2
residues - 以 Residues 物件表示的結構域定義
sccs - SCOP 簡潔分類字串。 例如:b.1.2.1
sunid - 此結構域的 SCOP 唯一識別符
hierarchy - 一個字典,鍵值是節點類型,值是 sunid,描述此結構域在 SCOP 階層中的位置。有關節點類型的描述,請參閱 Scop 模組。在舊版本的 Biopython 中,這曾經是 (key,value) 元組的列表(請參閱 Bug 3109)。
- __init__(line=None)
初始化類別。
- __str__()
將 SCOP 分類記錄表示為以 Tab 分隔的字串。
- Bio.SCOP.Cla.parse(handle)
將 CLA 檔案迭代為每行的 Cla 記錄。
- 引數
handle - 類檔案物件。