Bio.SCOP.Des 模組

處理 SCOP DEScription 檔案。

檔案格式在 SCOP 的「發行說明」中描述：http://scop.berkeley.edu/release-notes-1.55.html 最新的 DES 檔案可以在「SCOP 其他地方」找到：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/

「發行版本 1.55」：http://scop.berkeley.edu/parse/des.cla.scop.txt_1.55 (2001 年 7 月)

class Bio.SCOP.Des.Record(line=None)

基底：object

保存 SCOP 階層中一個節點的資訊。

屬性

  • sunid - SCOP 唯一識別符

  • nodetype - ‘cl’ (類別)、‘cf’ (摺疊)、‘sf’ (超家族)、‘fa’ (家族)、‘dm’ (蛋白質)、‘sp’ (物種)、‘px’ (結構域) 其中之一。可能會增加額外的節點類型。

  • sccs - SCOP 簡潔分類字串。例如 b.1.2.1

  • name - 結構域的 SCOP ID (sid) (例如 d1anu1)，目前其他節點類型為空

  • description - 例如 “所有 beta 蛋白質”、“纖連蛋白 III 型”

__init__(line=None)

初始化類別。

__str__()

將 SCOP 描述記錄表示為一個以 tab 分隔的字串。

Bio.SCOP.Des.parse(handle)

將 DES 檔案作為一個 Des 記錄迭代處理每一行。

引數

  • handle - 檔案類型的物件