Bio.PDB.PDBParser 模組

PDB 檔案的解析器。

class Bio.PDB.PDBParser.PDBParser(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

基底類別：object

解析 PDB 檔案並回傳 Structure 物件。

__init__(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

建立 PDBParser 物件。

PDB 解析器會在匯總的 StructureBuilder 物件中呼叫許多標準方法。通常此物件是由 PDBParser 物件本身實例化的，但如果使用者提供他/她自己的 StructureBuilder 物件，則會改用後者。

參數

PERMISSIVE - 評估為布林值。如果為 false，則在建構 SMCRA 資料結構時發生的例外狀況是致命的。如果為 true (預設值)，則會捕獲例外狀況，但會遺失一些殘基或原子。這些例外狀況是因為 PDB 檔案中的問題造成的！
get_header - 未使用的參數，保留用於歷史相容性。
structure_builder - 可選的使用者實作 StructureBuilder 類別。
QUIET - 評估為布林值。如果為 true，則會抑制在建構 SMCRA 資料時發出的警告。如果為 false (預設值)，則會顯示它們。這些警告可能表示 PDB 檔案中存在問題！
is_pqr - 評估為布林值。指定要解析的檔案類型。如果為 false (預設值)，則會假設為 .pdb 檔案格式。如果您想要改為解析 .pqr 檔案，請將其設定為 true。

get_structure(id, file)

回傳結構。

參數