Bio.File 模組

用於更進階的檔案處理的程式碼。

Bio.File 定義了在 Bio.SeqIO 和 Bio.SearchIO 中用於索引檔案的私有類別。這些類別不應直接使用。

Bio.File.as_handle(handleish, mode='r', **kwargs)

確保我們正在使用 handle 的上下文管理器。

上下文管理器，用於傳遞給 SeqIO 和 AlignIO 讀取、寫入和解析方法的參數：可以是檔案物件或類路徑物件（字串、pathlib.Path 實例，或更廣泛地說，任何可以由內建 'open' 函式處理的物件）。

當給定一個類路徑物件時，返回一個開啟的該路徑的檔案 handle，帶有提供的模式，該 handle 將在管理器退出時關閉。

所有其他輸入都將返回，並且不會關閉。

參數

• handleish - 檔案 handle 或類路徑物件（任何可以

  傳遞給內建 'open' 函式的物件，例如 str、bytes、pathlib.Path 和 os.DirEntry 物件）

• mode - 開啟 handleish 的模式（僅當 handleish 是字串時使用）

• kwargs - 要傳遞給 open(...) 的其他參數

範例

>>> from Bio import File
>>> import os
>>> with File.as_handle('seqs.fasta', 'w') as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
True

>>> handle = open('seqs.fasta', 'w')
>>> with File.as_handle(handle) as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
False
>>> fp.close()
>>> os.remove("seqs.fasta")  # tidy up