Bio.PDB.PSEA 模組

PSEA 的包裝函式，PSEA 是一個用於二級結構分配的程式。

關於 P-SEA，請參閱此引用文獻，PMID：9183534

Labesse G, Colloc’h N, Pothier J, Mornon J-P: P-SEA: 從 C_alpha 新穎有效率的二級結構分配方法。Comput Appl Biosci 1997 , 13:291-295

ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/

Bio.PDB.PSEA.run_psea(fname, verbose=False)

執行 PSEA 並返回輸出檔案名稱。

請注意，這假設 P-SEA 二進位檔稱為「psea」，並且它位於路徑中。

請注意，P-SEA 將使用擴展名「.sea」以輸入檔名在目前目錄中寫入輸出檔案。

請注意，除非

verbose 設定為 True，否則 P-SEA 不會在執行時將輸出寫入終端機。

Bio.PDB.PSEA.psea(pname)

解析 PSEA 輸出檔案。

Bio.PDB.PSEA.psea2HEC(pseq)

將 PSEA 二級結構字串翻譯成 HEC。

Bio.PDB.PSEA.annotate(m, ss_seq)

將二級結構資訊應用到模型中的殘基。

class Bio.PDB.PSEA.PSEA(model, filename)

基底類別：object

定義 PSEA 類別。

PSEA 物件是 PSEA 程式的包裝函式，用於二級結構分配。

__init__(model, filename)

初始化類別。

get_seq()

返回二級結構字串。