Bio.ExPASy.ScanProsite 模組

用於呼叫和解析 ExPASy 的 ScanProsite 的程式碼。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Record

基底類別： list

表示 ScanProsite 返回的搜尋結果。

此記錄是一個列表，其中包含 ScanProsite 返回的搜尋結果。此記錄還包含資料成員 n_match、n_seq、capped 和 warning。

__init__()

初始化類別。

Bio.ExPASy.ScanProsite.scan(seq='', mirror='https://prosite.expasy.org', output='xml', **keywords)

執行 ScanProsite 搜尋。

參數

• mirror：要使用的 ScanProsite 鏡像站

  （預設值：https://prosite.expasy.org）。

• seq：查詢序列或 UniProtKB（Swiss-Prot、

  TrEMBL）登錄號

• output：搜尋結果的格式

  （預設值：xml）

其他搜尋參數可以作為關鍵字傳遞；有關這些參數的說明，請參閱 https://prosite.expasy.org/scanprosite/scanprosite_doc.html 中關於以程式化方式存取 ScanProsite 的文件。

此函數返回一個 ScanProsite 返回的搜尋結果的句柄。可以使用 Bio.ExPASy.ScanProsite.read 函數將 XML 格式的搜尋結果解析為 Python 物件。

Bio.ExPASy.ScanProsite.read(handle)

將 ScanProsite 返回的搜尋結果解析為 Python 物件。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser

基底類別： ExpatParser

處理 ScanProsite 搜尋的結果（私有）。

__init__()

初始化類別。

feed(data, isFinal=0)

如果資料中收到純文字，則引發錯誤。

這是為了顯示 ScanProsite 返回的錯誤訊息。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler

基底類別： ContentHandler

處理並填寫記錄、搜尋結果（私有）。

integers = ('start', 'stop')

strings = ('sequence_ac', 'sequence_id', 'sequence_db', 'signature_ac', 'level', 'level_tag')

__init__()

初始化類別。

startElement(name, attrs)

定義記錄的開頭並儲存搜尋記錄。

endElement(name)

定義搜尋記錄的結尾。

characters(content)

儲存記錄內容。