Bio.ExPASy.cellosaurus 模組

用於解析來自 ExPASy 的 cellosaurus.txt 檔案的解析器。

已使用第 18 版（2016 年 7 月）的發行版進行測試。

函式

read 讀取包含一個細胞系條目的檔案
parse 讀取包含多個細胞系條目的檔案

類別

Record 保存細胞系資料。

範例

此範例會下載 Cellosaurus 資料庫並進行解析。請注意，urlopen 會傳回位元組串流，而解析器需要純文字字串串流，因此我們使用 TextIOWrapper 將位元組轉換為使用 UTF-8 編碼的字串。如果您預先下載 cellosaurus.txt 檔案並開啟它，則不需要這樣做（請參閱下面的註解）。

>>> from urllib.request import urlopen
>>> from io import TextIOWrapper
>>> from Bio.ExPASy import cellosaurus
>>> url = "ftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus/cellosaurus.txt"
>>> bytestream = urlopen(url)
>>> textstream = TextIOWrapper(bytestream, "UTF-8")
>>> # alternatively, use
>>> # textstream = open("cellosaurus.txt")
>>> # if you downloaded the cellosaurus.txt file in advance.
>>> records = cellosaurus.parse(textstream)
>>> for record in records:
...     if 'Homo sapiens' in record['OX'][0]:
...         print(record['ID'])  
...
#15310-LN
#W7079
(L)PC6
0.5alpha
...

Bio.ExPASy.cellosaurus.parse(handle)

解析細胞系記錄。

此函式用於解析包含多個記錄的細胞系檔案。

引數

handle - 檔案的控制代碼。

Bio.ExPASy.cellosaurus.read(handle)

讀取一個細胞系記錄。

此函式用於解析僅包含一個記錄的細胞系檔案。

引數

handle - 檔案的控制代碼。

class Bio.ExPASy.cellosaurus.Record

基底類別：dict

將來自 ExPASy Cellosaurus 記錄的資訊保存為 Python 字典。

每個記錄都包含以下鍵

行代碼	內容	條目中的出現次數
ID	識別碼（細胞系名稱）	一次；開始一個條目
AC	登錄號（CVCL_xxxx）	一次
AS	次要登錄號	選用；一次
SY	同義詞	選用；一次
DR	交叉參照	選用；一次或多次
RX	參考文獻識別碼	選用：一次或多次
WW	網頁	選用；一次或多次
CC	註解	選用；一次或多次
ST	STR 分析資料	選用；兩次或多次
DI	疾病	選用；一次或多次
OX	來源物種	一次或多次
HI	階層	選用；一次或多次
OI	源自同一個人	選用；一次或多次
SX	細胞性別	選用；一次
AG	取樣時捐贈者的年齡	選用；一次
CA	類別	一次
DT	日期（條目歷程記錄）	一次
//	終止符	一次；結束一個條目

__init__(): 初始化類別。

__repr__(): 傳回 Record 物件的標準字串表示法。

__str__(): 傳回 Record 物件的可讀字串表示法。