Bio.ExPASy.Prosite 模組

用於解析 ExPASy 中 Prosite 的 prosite dat 檔案的解析器。

請參閱 https://www.expasy.org/prosite/

測試使用

  • 版本 20.43，2009 年 2 月 10 日

  • 2017_03 版本，2017 年 3 月 15 日。

函數

  • read 讀取一個包含一個 Prosite 記錄的 Prosite 檔案

  • parse 迭代處理 Prosite 檔案中的記錄。

類別

  • Record 保存 Prosite 資料。

Bio.ExPASy.Prosite.parse(handle)

解析 Prosite 記錄。

此函數用於解析包含多個記錄的 Prosite 檔案。

引數

  • handle - 檔案的處理。

Bio.ExPASy.Prosite.read(handle)

讀取一個 Prosite 記錄。

此函數用於解析僅包含一個記錄的 Prosite 檔案。

引數

  • handle - 檔案的處理。

class Bio.ExPASy.Prosite.Record

基礎： object

保存來自 Prosite 記錄的資訊。

主要屬性

  • name 記錄的 ID。例如，ADH_ZINC

  • type 條目的類型。例如，PATTERN、MATRIX 或 RULE

  • accession 例如，PS00387

  • created 條目建立的日期。（2017 年 1 月之前版本的格式為 MMM-YYYY，2017 年 1 月之後的版本格式為 DD-MMM-YYYY）

  • data_update 上次更新「主要」資料的日期。

  • info_update 上次更新「主要」資料以外的資料的日期。

  • pdoc PROSITE 文件 ID。

  • description 自由格式描述。

  • pattern PROSITE 模式。請參閱文件。

  • matrix 描述矩陣條目的字串列表。

  • rules 規則定義列表（來自 RU 行）。（字串）

  • prorules prorules 列表（來自 PR 行）。（字串）

數值結果

  • nr_sp_release SwissProt 版本。

  • nr_sp_seqs 該 Swiss-Prot 版本中的序列數量。（整數）

  • nr_total Swiss-Prot 中的命中總數。(命中數, 序列數) 的元組

  • nr_positive 真陽性。(命中數, 序列數) 的元組

  • nr_unknown 可能是陽性。(命中數, 序列數) 的元組

  • nr_false_pos 假陽性。(命中數, 序列數) 的元組

  • nr_false_neg 假陰性。（整數）

  • nr_partial 假陰性，因為它們是片段。（整數）

註解

  • cc_taxo_range 分類範圍。請參閱文件以了解格式

  • cc_max_repeat 蛋白質中最大重複次數

  • cc_site 有趣的位點。元組列表 (模式位置, 描述)

  • cc_skip_flag 可以忽略此條目嗎？

  • cc_matrix_type

  • cc_scaling_db

  • cc_author

  • cc_ft_key

  • cc_ft_desc

  • cc_version 版本號（在 19.0 版本中引入）

如果都是元組列表（swiss-prot 登錄號，swiss-prot 名稱）。

資料庫參考

  • dr_positive

  • dr_false_neg

  • dr_false_pos

  • dr_potential 潛在命中，但指紋區域尚不可用。

  • dr_unknown 可能屬於

  • pdb_structs PDB 條目列表。

__init__()

初始化類別。