Bio.AlignIO.NexusIO 模組

Bio.AlignIO 支援 “nexus” 檔案格式。

您應該透過 Bio.AlignIO 函式（或如果您想直接處理帶間隙的序列，則透過 Bio.SeqIO 函式）來使用此模組。

另請參閱 Bio.Nexus 模組（此程式碼在內部呼叫），因為它提供的功能不僅僅是存取比對或其序列作為 SeqRecord 物件。

Bio.AlignIO.NexusIO.NexusIterator(handle: IO[str], seq_count: int | None = None) → Iterator[MultipleSeqAlignment]

從 Nexus 檔案傳回 SeqRecord 物件。

因此使用 Bio.Nexus 模組來完成繁重的工作。

您應該透過 Bio.SeqIO 或 Bio.AlignIO 呼叫此函式（而不是直接使用它）。

注意 - 我們預期每個 Nexus 檔案只有一個比對矩陣，這表示此迭代器只會產生一個 MultipleSeqAlignment。

class Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter(handle)

Nexus 比對寫入器。

請注意，Nexus 檔案預期只包含一個比對矩陣。

您應該透過 Bio.AlignIO.write() 或 Bio.SeqIO.write() 函式呼叫此類別。

write_file(alignments)

使用此方法寫入包含給定比對的整個檔案。

引數

write_alignment(alignment, interleave=None)

將比對寫入檔案。

建立一個空的 Nexus 物件，新增序列，然後讓 Nexus 準備輸出。預設交錯行為：如果欄數 > 1000，則交錯 –> 使用 interleave=[True/False] 覆寫