Bio.AlignIO.Interfaces 模組

AlignIO 支援模組（非一般用途）。

除非您正在為 Bio.AlignIO 撰寫新的剖析器或寫入器，否則您不應使用此模組。 它提供了基礎類別來嘗試簡化事情。

class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentIterator(handle, seq_count=None)

基底類別： object

用於建立 MultipleSeqAlignment 迭代器的基礎類別。

您應該撰寫一個 next() 方法來返回 Alignment 物件。 您可能也希望重新定義 __init__ 方法。

__init__(handle, seq_count=None)

建立一個 AlignmentIterator 物件。

參數

  • handle - 輸入檔案

  • count - 可選，每個比對預期的記錄數。 建議用於 fasta 檔案格式。

子類別化時的注意事項

  • 應該有一個非可選的單一參數，即 handle，以及可選的 count，順序如此。

  • 您可以加入其他可選參數。

__next__()

返回檔案中的下一個比對。

此方法應由任何衍生類別替換，以執行有用的操作。

__iter__()

以 MultipleSeqAlignment 物件的形式迭代條目。

（串聯）PHYLIP 檔案的範例用法

with open("many.phy","r") as myFile:
    for alignment in PhylipIterator(myFile):
        print("New alignment:")
        for record in alignment:
            print(record.id)
            print(record.seq)
class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter(handle)

基底類別： object

用於建立 MultipleSeqAlignment 寫入器的基礎類別。

您應該撰寫一個 write_alignment() 方法。 您可能也希望重新定義 __init__ 方法。

__init__(handle)

初始化類別。

write_file(alignments)

使用此方法來寫入包含指定比對的整個檔案。

參數

  • alignments - 返回 MultipleSeqAlignment 物件的清單或迭代器

一般來說，此方法每個檔案只能呼叫一次。

此方法應由任何衍生類別替換，以執行有用的操作。 它應該返回比對的數量。

clean(text)

使用此方法來避免在輸出中取得換行符號。

class Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter(handle)

基底類別： AlignmentWriter

用於建立 MultipleSeqAlignment 寫入器的基礎類別。

這假設每個比對都可以簡單地附加到檔案中。 您應該撰寫一個 write_alignment() 方法。 您可能也希望重新定義 __init__ 方法。

__init__(handle)

初始化類別。

write_file(alignments)

使用此方法來寫入包含指定比對的整個檔案。

參數

  • alignments - 返回 MultipleSeqAlignment 物件的清單或迭代器

一般來說，此方法每個檔案只能呼叫一次。

write_header()

使用此方法來寫入任何標頭。

此方法應由任何衍生類別替換，以執行有用的操作。

使用此方法來寫入任何頁尾。

此方法應由任何衍生類別替換，以執行有用的操作。

write_alignment(alignment)

使用此方法來寫入單個比對。

此方法應由任何衍生類別替換，以執行有用的操作。