Bio.AlignIO.PhylipIO 模組
AlignIO 支援來自 Joe Felsenstein 的 PHYLIP 工具的 "phylip" 格式。
您應該透過 Bio.AlignIO 函數（或如果您想直接使用帶間隙的序列，則使用 Bio.SeqIO 函數）來使用此模組。
也支援「寬鬆的 phylip」格式。寬鬆的 phylip 與標準 phylip 格式的不同之處如下：
序列 ID 中不允許有空格。
不會執行截斷。相反地，序列 ID 會被填補到最長 ID 長度，而不是 10 個字元。一個空格將序列識別符號與序列分開。
RAxML 和 PHYML 支援寬鬆的 phylip。
注意
在 TREE_PUZZLE (Schmidt et al. 2003) 和 PHYML (Guindon and Gascuel 2003) 中，序列中的點/句點（「.」）被解釋為與第一個序列中的字元相同。 從 3.3 到 3.69 的 PHYLIP 文件http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html說：
「之前也允許使用句點，但現在不允許了，因為它有時會在其他程式中使用不同的含義」
Biopython 1.58 或更新版本將序列中的點/句點視為無效，無論是讀取還是寫入。較舊的版本沒有對點/句點做任何特別處理。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter(handle)
基礎類別：
SequentialAlignmentWriterPhylip 比對寫入器。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)
使用此方法將（另一個）單一比對寫入開啟的檔案。
當序列長度超過 50 個字元時，此程式碼會寫入交錯比對。
請注意，記錄識別符號會嚴格截斷為 id_width，預設為符合 PHYLIP 標準所需的值。
如需檔案格式的詳細資訊，請參閱： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator(handle, seq_count=None)
基礎類別：
AlignmentIterator讀取 Phylip 比對檔案，傳回 MultipleSeqAlignment 迭代器。
記錄識別符號最多限制為 10 個字元。
它只處理交錯的 phylip 檔案！ 當序列被分割成多行時，循序檔案將無法運作。
如需檔案格式的詳細資訊，請參閱： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- id_width = 10
- __next__()
從句柄解析下一個比對。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter(handle)
基礎類別：
PhylipWriter寬鬆的 Phylip 格式寫入器。
- write_alignment(alignment)
寫入寬鬆的 phylip 比對。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipIterator(handle, seq_count=None)
基礎類別：
PhylipIterator寬鬆的 Phylip 格式迭代器。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter(handle)
基礎類別：
SequentialAlignmentWriter循序 Phylip 格式寫入器。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)
將 Phylip 比對寫入句柄。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipIterator(handle, seq_count=None)
基礎類別：
PhylipIterator循序 Phylip 格式迭代器。
循序格式具有與正常交錯格式相同的限制，不同之處在於序列是循序排列的，每個序列在開始下一個序列之前完全寫入。根據 PHYLIP 關於輸入檔案格式的文件，可以在序列中的任何點選擇性地輸入換行符號和空格。
- __next__()
從句柄解析下一個比對。
- Bio.AlignIO.PhylipIO.sanitize_name(name, width=None)
清理序列識別符號以進行輸出。
移除禁止的字元「[]()」，並將字元「:;」取代為「|」。如果指定，名稱會被截斷為「width」個字元。