Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 模組

用於 HMMER 網域表格輸出格式的 Bio.SearchIO 解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser(handle)

基底類別： Hmmer3DomtabParser

使用命中座標的 HMMER 網域表格解析器。

用於 HMMER 網域表格格式的解析器，假設 HMM 輪廓座標為命中座標。

hmm_as_hit = True

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser(handle)

基底類別： Hmmer3DomtabParser

使用查詢座標的 HMMER 網域表格解析器。

用於 HMMER 網域表格格式的解析器，假設 HMM 輪廓座標為查詢座標。

hmm_as_hit = False

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitIndexer(filename, **kwargs)

基底類別： Hmmer3TabIndexer

使用命中座標的 HMMER 網域表格索引器。

用於 HMMER 網域表格輸出的索引器類別，假設 HMM 輪廓座標為命中座標。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer(filename, **kwargs)

基底類別： Hmmer3TabIndexer

使用查詢座標的 HMMER 網域表格索引器。

用於 HMMER 網域表格輸出的索引器類別，假設 HMM 輪廓座標為查詢座標。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter(handle)

基底類別： object

使用命中座標的 HMMER 網域表格寫入器。

用於 hmmer3-domtab 輸出格式的寫入器，將命中座標寫為 HMM 輪廓座標。

hmm_as_hit = True

__init__(handle)

初始化類別。

write_file(qresults)

寫入至 handle。

傳回一個元組，其中包含已寫入的 QueryResult、Hit 和 HSP 物件數量。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryWriter(handle)

基底類別： Hmmer3DomtabHmmhitWriter

使用查詢座標的 HMMER 網域表格寫入器。

用於 hmmer3-domtab 輸出格式的寫入器，將查詢座標寫為 HMM 輪廓座標。

hmm_as_hit = False