Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 模組
用於 HMMER 2 文字輸出的 Bio.SearchIO 解析器。
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser(handle)
基底類別：
object用於 HMMER 2.0 文字輸出的迭代器。
- __init__(handle)
初始化類別。
- __iter__()
迭代 Hmmer2TextParser，產生查詢結果。
- read_next(rstrip=True)
傳回下一個非空行，並移除尾隨的空白。
- push_back(line)
將不應被解析的行退回。
- parse_key_value()
解析以冒號分隔的鍵值對。
- parse_preamble()
解析 HMMER2 前言。
- parse_qresult()
解析 HMMER2 查詢區塊。
- parse_hits()
解析 HMMER2 命中區塊，從命中表格開始。
- parse_hsps(hit_placeholders)
解析 HMMER2 hsp 區塊，從 hsp 表格開始。
- parse_hsp_alignments()
解析 HMMER2 HSP 比對區塊。