Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 模組

用於 HMMER 表格輸出格式的 Bio.SearchIO 解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabParser(handle)

基底類別：object

HMMER 表格格式的解析器。

__init__(handle)

初始化類別。

__iter__()

迭代 Hmmer3TabParser，產生查詢結果。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabIndexer(filename, **kwargs)

基底類別：SearchIndexer

HMMER 表格輸出的索引器類別。

__iter__()

迭代檔案控制代碼；產生鍵、開始偏移量和長度。

get_raw(offset)

從給定的偏移量返回 QueryResult 物件的原始位元組字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabWriter(handle)

基底類別：object

用於 hmmer3-tab 輸出格式的寫入器。

__init__(handle)

初始化類別。

write_file(qresults)

寫入到控制代碼。

返回寫入了多少 QueryResult、Hit 和 HSP 物件的元組。