Bio.PDB.mmtf 套件

子模組

• Bio.PDB.mmtf.DefaultParser 模組
  • StructureDecoder
    • StructureDecoder.__init__()
    • StructureDecoder.init_structure()
    • StructureDecoder.set_atom_info()
    • StructureDecoder.set_chain_info()
    • StructureDecoder.set_entity_info()
    • StructureDecoder.set_group_info()
    • StructureDecoder.set_model_info()
    • StructureDecoder.set_xtal_info()
    • StructureDecoder.set_header_info()
    • StructureDecoder.set_bio_assembly_trans()
    • StructureDecoder.finalize_structure()
    • StructureDecoder.set_group_bond()
    • StructureDecoder.set_inter_group_bond()
• Bio.PDB.mmtf.mmtfio 模組
  • MMTFIO
    • MMTFIO.__init__()
    • MMTFIO.save()

模組內容

支援載入儲存在 MMTF 檔案中的 3D 結構。

Bio.PDB.mmtf.get_from_decoded(decoder)

從解碼器回傳結構。

class Bio.PDB.mmtf.MMTFParser

基底： object

從 URL 或檔案名稱取得 Biopython 結構的類別。

static get_structure_from_url(pdb_id)

從 URL 取得結構 - 給定一個 PDB ID。

參數:

pdb_id – 輸入的 PDB ID

回傳:

結構

static get_structure(file_path)

從檔案取得結構 - 給定一個檔案路徑。

參數:

file_path – 輸入的檔案路徑

回傳:

結構