Bio.PDB.mmtf.DefaultParser 模組

程式碼處理將 mmtf-python 載入 Biopython 的結構中。

class Bio.PDB.mmtf.DefaultParser.StructureDecoder

基底類別： object

將來自 mmtf-python 的資料傳遞到 Biopython 資料結構的類別。

__init__()

初始化類別。

init_structure(total_num_bonds, total_num_atoms, total_num_groups, total_num_chains, total_num_models, structure_id)

初始化結構物件。

參數:

  • total_num_bonds – 結構中的鍵數

  • total_num_atoms – 結構中的原子數

  • total_num_groups – 結構中的基團數

  • total_num_chains – 結構中的鏈數

  • total_num_models – 結構中的模型數

  • structure_id – 結構的 ID（例如 PDB ID）

set_atom_info(atom_name, serial_number, alternative_location_id, x, y, z, occupancy, temperature_factor, element, charge)

建立原子物件並設定資訊。

參數:

  • atom_name – 原子名稱，例如此原子的 CA

  • serial_number – 原子的序列 ID（例如 1）

  • alternative_location_id – 原子的替代位置 ID（如果存在）

  • x – 原子的 x 座標

  • y – 原子的 y 座標

  • z – 原子的 z 座標

  • occupancy – 原子的佔有率

  • temperature_factor – 原子的溫度因子

  • element – 原子的元素，例如碳的 C。根據 IUPAC。鈣是 Ca

  • charge – 原子的正式原子電荷

set_chain_info(chain_id, chain_name, num_groups)

設定鏈資訊。

參數:

  • chain_id – 來自 mmCIF 的 asym 鏈 ID

  • chain_name – 來自 mmCIF 的 auth 鏈 ID

  • num_groups – 此鏈擁有的基團數

set_entity_info(chain_indices, sequence, description, entity_type)

設定結構的實體級資訊。

參數:

  • chain_indices – 此實體的鏈索引

  • sequence – 此實體的一個字母代碼序列

  • description – 此實體的描述

  • entity_type – 實體類型（聚合物、非聚合物、水）

set_group_info(group_name, group_number, insertion_code, group_type, atom_count, bond_count, single_letter_code, sequence_index, secondary_structure_type)

設定群組的資訊。

參數:

  • group_name – 此群組的名稱，例如 LYS

  • group_number – 此群組的殘基數

  • insertion_code – 此群組的插入代碼

  • group_type – 一個字串，指示群組的類型（如在 chemcomp 字典中找到的）。如果沒有可用的，則為空字串。

  • atom_count – 群組中的原子數

  • bond_count – 群組中唯一鍵的數目

  • single_letter_code – 群組的單字母代碼

  • sequence_index – 此群組在實體定義的序列中的索引

  • secondary_structure_type – 使用的二級結構類型（類型根據 DSSP，數字到類型的對應關係在規範中定義）

set_model_info(model_id, chain_count)

設定模型的資訊。

參數:

  • model_id – 模型的索引

  • chain_count – 模型中的鏈數

set_xtal_info(space_group, unit_cell)

設定結構的晶體學資訊。

參數:

  • space_group – 空間群名稱，例如“P 21 21 21”

  • unit_cell – 長度為 6 的陣列，其中包含單位晶格參數，順序為：a、b、c、alpha、beta、gamma

set_header_info(r_free, r_work, resolution, title, deposition_date, release_date, experimnetal_methods)

設定標頭資訊。

參數:

  • r_free – 結構的測量 R-Free

  • r_work – 結構的測量 R-Work

  • resolution – 結構的解析度

  • title – 結構的標題

  • deposition_date – 結構的存放日期

  • release_date – 結構的發布日期

  • experimnetal_methods – 結構中實驗方法的清單

set_bio_assembly_trans(bio_assembly_index, input_chain_indices, input_transform)

設定生物組裝轉換資訊。單個生物組裝可以有多個轉換。

參數:

  • bio_assembly_index – 生物組裝的整數索引

  • input_chain_indices – 此生物組裝鏈的整數索引清單

  • input_transform – 此生物組裝轉換的轉換雙精度浮點數清單。

finalize_structure()

清理結構所需的任何函數。

set_group_bond(atom_index_one, atom_index_two, bond_order)

在群組內新增鍵。

參數:

  • atom_index_one – 鍵中第一個夥伴的整數原子索引（在群組中）

  • atom_index_two – 鍵中第二個夥伴的整數原子索引（在群組中）

  • bond_order – 整數鍵級

set_inter_group_bond(atom_index_one, atom_index_two, bond_order)

在群組之間新增鍵。

參數:

  • atom_index_one – 鍵中第一個夥伴的整數原子索引（在結構中）

  • atom_index_two – 鍵中第二個夥伴的整數原子索引（在結構中）

  • bond_order – 鍵級