Bio.PDB.alphafold_db 模組

一個用於與 AlphaFold 蛋白質結構資料庫互動的模組。

請參閱資料庫網站和API 文件。

Bio.PDB.alphafold_db.get_predictions(qualifier: str) → Iterator[dict]

取得 UniProt 登錄號的所有 AlphaFold 預測。

參數:

qualifier (str) – UniProt 登錄號，例如 P00520

返回:

AlphaFold 預測

返回類型:

Iterator[dict]

Bio.PDB.alphafold_db.download_cif_for(prediction: dict, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → str

下載 AlphaFold 預測的 mmCIF 檔案。

如果未指定目的地，則將檔案下載到目前的工作目錄。

參數:

• prediction (dict) – AlphaFold 預測

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) – 寫入 mmCIF 資料的目錄，預設為目前的工作目錄

返回:

mmCIF 檔案的路徑

返回類型:

str

Bio.PDB.alphafold_db.get_structural_models_for(qualifier: str, mmcif_parser: MMCIFParser | None = None, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → Iterator[Structure]

取得 UniProt 登錄號的 PDB 結構。

如果 mmCIF 檔案不存在，則將其下載到目錄中。

參數:

• qualifier (str) – UniProt 登錄號，例如 P00520

• mmcif_parser (MMCIFParser, optional) – 要使用的 mmCIF 解析器，預設為 MMCIFParser()

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) – 儲存 mmCIF 資料的目錄，預設為目前的工作目錄

返回:

PDB 結構的迭代器

返回類型:

Iterator[PDBStructure]