Bio.PDB.MMCIFParser 模組

mmCIF 解析器。

class Bio.PDB.MMCIFParser.MMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基底類別：object

解析 mmCIF 檔案並回傳 Structure 物件。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

建立一個 PDBParser 物件。

mmCIF 解析器會在一個彙總的 StructureBuilder 物件中呼叫許多標準方法。通常此物件是由 MMCIParser 物件本身實例化，但如果使用者提供他/她自己的 StructureBuilder 物件，則會改用後者。

參數

structure_builder - 可選的使用者實作 StructureBuilder 類別。
auth_chains - 預設為 True。如果為 True，則使用作者鏈 ID。如果為 False，則使用重新指派的 mmCIF 鏈 ID。
auth_residues - 預設為 True。如果為 True，則使用作者殘基編號。如果為 False，則使用 mmCIF「標籤」殘基編號，該編號沒有插入代碼，且嚴格遞增殘基編號。注意：非聚合物（例如水）沒有「標籤」殘基編號，將會被跳過。
QUIET - 被評估為布林值。如果為 True，則會抑制在建構 SMCRA 資料時發出的警告。如果為 False（預設），則會顯示這些警告。這些警告可能表示 mmCIF 檔案中存在問題！

get_structure(structure_id, filename)

回傳結構。

參數

class Bio.PDB.MMCIFParser.FastMMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基底類別：object

解析 MMCIF 檔案並回傳 Structure 物件。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

建立一個 FastMMCIFParser 物件。

mmCIF 解析器會在一個彙總的 StructureBuilder 物件中呼叫許多標準方法。通常此物件是由解析器物件本身實例化，但如果使用者提供他/她自己的 StructureBuilder 物件，則會改用後者。

此類別與一般 MMCIFParser 之間的主要區別在於，此處只會解析「ATOM」和「HETATM」行。如果僅對座標資訊感興趣，請使用此類別。

參數

structure_builder - 可選的使用者實作 StructureBuilder 類別。
auth_chains - 預設為 True。如果為 True，則使用作者鏈 ID。如果為 False，則使用重新指派的 mmCIF 鏈 ID。
auth_residues - 預設為 True。如果為 True，則使用作者殘基編號。如果為 False，則使用 mmCIF「標籤」殘基編號，該編號沒有插入代碼，且嚴格遞增殘基編號。注意：非聚合物（例如水）沒有「標籤」殘基編號，將會被跳過。
QUIET - 被評估為布林值。如果為 True，則會抑制在建構 SMCRA 資料時發出的警告。如果為 False（預設），則會顯示這些警告。這些警告可能表示 mmCIF 檔案中存在問題！

get_structure(structure_id, filename)

回傳結構。

參數