Bio.PDB.ResidueDepth 模組
使用命令列工具 MSMS 計算殘基深度。
此模組使用 Michel Sanner 的 MSMS 程式進行表面計算。請參閱：http://mgltools.scripps.edu/packages/MSMS
殘基深度是殘基的原子與溶劑可及表面之間的平均距離。
殘基深度
from Bio.PDB.ResidueDepth import ResidueDepth
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("1a8o", "Tests/PDB/1A8O.pdb")
model = structure[0]
rd = ResidueDepth(model)
print(rd['A',(' ', 152, ' ')])
直接的 MSMS 介面，典型用法
from Bio.PDB.ResidueDepth import get_surface
surface = get_surface(model)
表面是一個 NumPy 陣列，包含所有表面頂點。
到表面的距離
from Bio.PDB.ResidueDepth import min_dist
coord = (1.113, 35.393, 9.268)
dist = min_dist(coord, surface)
其中 coord 是表面所包圍體積內的原子坐標（即原子深度）。
要計算殘基深度（殘基中原子的平均原子深度）
from Bio.PDB.ResidueDepth import residue_depth
chain = model['A']
res152 = chain[152]
rd = residue_depth(res152, surface)
- Bio.PDB.ResidueDepth.get_surface(model, MSMS='msms')
將分子表面表示為頂點列表陣列。
返回一個 NumPy 陣列，表示分子表面的頂點列表。
- 引數
model - BioPython PDB 模型物件（用於取得輸入模型的原子）
MSMS - msms 可執行檔（用作 subprocess.call 的引數）
- Bio.PDB.ResidueDepth.min_dist(coord, surface)
返回 coord 和表面之間的最小距離。
- Bio.PDB.ResidueDepth.residue_depth(residue, surface)
殘基深度為其所有原子的平均深度。
返回殘基中所有原子到表面的平均距離，即殘基深度。
- Bio.PDB.ResidueDepth.ca_depth(residue, surface)
返回 CA 深度。