Bio.PDB.NACCESS 模組

NACCESS 程式的介面。

請參閱：http://wolf.bms.umist.ac.uk/naccess/ 原子溶劑可及表面積計算

二進制檔案可能發生的錯誤：預設值通常是由於 accall.pars 中的預設設定過低所致，例如：max cubes 錯誤：變更 accall.pars 並重新編譯二進制檔案

使用 naccess -y、naccess -h 或 naccess -w 來包含 HETATM 記錄

Bio.PDB.NACCESS.run_naccess(model, pdb_file, probe_size=None, z_slice=None, naccess='naccess', temp_path='/tmp/')

為 pdb 檔案執行 naccess。

Bio.PDB.NACCESS.process_rsa_data(rsa_data)

處理 .rsa 輸出檔案：殘基級別的 SASA 資料。

Bio.PDB.NACCESS.process_asa_data(rsa_data)

處理 .asa 輸出檔案：原子級別的 SASA 資料。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基礎類別：AbstractResiduePropertyMap

定義殘基屬性對應的 NACCESS 類別。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化類別。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS_atomic(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基礎類別：AbstractAtomPropertyMap

定義原子屬性對應的 NACCESS 原子類別。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化類別。