Bio.PDB.NeighborSearch 模組

使用 KD 樹（以 C 實作）快速查找原子鄰近。

class Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch(atom_list, bucket_size=10)

基類: object

鄰近搜尋的類別。

這個類別可用於兩個相關目的

1. 尋找給定查詢位置半徑內的所有原子/殘基/鏈/模型/結構。

2. 尋找彼此固定半徑內的所有原子/殘基/鏈/模型/結構。

NeighborSearch 利用以 C 實作的 KDTree 類別來提高速度。

__init__(atom_list, bucket_size=10)

建立物件。

參數

• atom_list - 原子列表。此列表用於查詢。它可以包含來自不同結構的原子。

• bucket_size - KD 樹的 bucket 大小。如果需要，您可以調整此值以最佳化速度。

search(center, radius, level='A')

鄰近搜尋。

傳回所有在中心半徑內至少有一個原子的原子/殘基/鏈/模型/結構。傳回的實體層級 (例如，原子或殘基) 由 level 決定 (A=原子，R=殘基，C=鏈，M=模型，S=結構)。

參數

• center - NumPy 陣列

• radius - 浮點數

• level - 字元 (A, R, C, M, S)

search_all(radius, level='A')

所有鄰近搜尋。

搜尋所有原子對在半徑內的實體。

參數

• radius - 浮點數

• level - 字元 (A, R, C, M, S)