Bio.PDB.FragmentMapper 模組
使用 Kolodny 等人的片段庫對蛋白質骨架結構進行分類。
它可以被視為一種客觀二級結構分類的形式。僅支援長度為 5 或 7 的片段（即，有一個「中心」殘基）。
完整參考文獻
Kolodny R, Koehl P, Guibas L, Levitt M. Small libraries of protein fragments model native protein structures accurately. J Mol Biol. 2002 323(2):297-307.
片段的定義文件可以從以下位置獲得
http://github.com/csblab/fragments/
您需要這些檔案才能使用此模組。
以下範例使用具有 10 個長度為 5 的片段的庫。庫檔案可以在目錄「fragment_data」中找到。
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.FragmentMapper import FragmentMapper
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> model = structure[0]
>>> fm = FragmentMapper(model, lsize=10, flength=5, fdir="PDB")
>>> chain = model['A']
>>> res152 = chain[152]
>>> res157 = chain[157]
>>> res152 in fm # is res152 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
False
>>> res157 in fm # is res157 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
True
- class Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment(length, fid)
基底類別：
object表示多肽 C-alpha 片段。
- __init__(length, fid)
初始化片段物件。
- 參數：
length (int) – 片段的長度
fid (int) – 片段的 ID
- get_resname_list()
取得殘基列表。
- 回傳：
殘基名稱
- 回傳型別：
[string, string,…]
- get_id()
取得片段的識別符。
- 回傳：
片段的 ID
- 回傳型別：
int
- get_coords()
取得片段中的 CA 座標。
- 回傳：
片段中的 CA 座標
- 回傳型別：
NumPy (Nx3) 陣列
- add_residue(resname, ca_coord)
新增一個殘基。
- 參數：
resname (string) – 殘基名稱（例如 GLY）。
ca_coord (長度為 3 的 NumPy 陣列) – 殘基的 c-alpha 座標
- __len__()
回傳片段的長度。
- __sub__(other)
回傳兩個片段之間的 rmsd。
- 回傳：
片段之間的 rmsd
- 回傳型別：
float
範例
這是一個不完整但具說明性的範例
rmsd = fragment1 - fragment2
- __repr__()
將片段物件表示為字串。
回傳 <片段長度=L id=ID>，其中 L=片段長度，ID 為識別符（在庫中的排名）。
- class Bio.PDB.FragmentMapper.FragmentMapper(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')
基底類別：
object將模型中的多肽對應到代表性片段的列表。
- __init__(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')
建立 FragmentMapper 的執行個體。
- 參數：
model (L{Model}) – 將被對應的模型
lsize (int) – 庫中片段的數量
flength (int) – 庫中片段的長度
fdir (string) – 找到定義檔案的目錄（預設 = "."）
- __contains__(res)
檢查給定的殘基是否在任何對應的片段中。
- __getitem__(res)
取得一個條目。
- 回傳：
片段分類
- 回傳型別：
L{Fragment}