Bio.PDB.HSExposure 模組

半球暴露和配位數計算。

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA(model, radius=12, offset=0)

基底：_AbstractHSExposure

根據近似的 CA-CB 向量計算 HSE 的類別。

使用三個連續的 CA 位置。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化類別。

參數：

• model (L{Model}) – 包含殘基的模型

• radius (float) – 球體的半徑（以 CA 原子為中心）

• offset (int) – 在計算鄰居數量時忽略的側翼殘基數量

pcb_vectors_pymol(filename='hs_exp.py')

寫入 PyMol 腳本以進行視覺化。

寫入一個 PyMol 腳本，該腳本可視化 CA 坐標處的偽 CB-CA 方向。

參數：

filename (string) – pymol 腳本檔案的名稱

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCB(model, radius=12, offset=0)

基底：_AbstractHSExposure

根據真實的 CA-CB 向量計算 HSE 的類別。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化類別。

參數：

• model (L{Model}) – 包含殘基的模型

• radius (float) – 球體的半徑（以 CA 原子為中心）

• offset (int) – 在計算鄰居數量時忽略的側翼殘基數量

class Bio.PDB.HSExposure.ExposureCN(model, radius=12.0, offset=0)

基底：AbstractPropertyMap

殘基暴露量為其 CA 原子周圍 CA 原子的數量。

__init__(model, radius=12.0, offset=0)

初始化類別。

殘基的暴露量定義為該殘基 CA 原子周圍的 CA 原子數量。返回一個字典，使用 L{Residue} 物件作為鍵，並使用殘基暴露量作為對應的值。

參數：

• model (L{Model}) – 包含殘基的模型

• radius (float) – 球體的半徑（以 CA 原子為中心）

• offset (int) – 在計算鄰居數量時忽略的側翼殘基數量