Bio.PDB.Dice 模組

用於切割(dicing)結構的程式碼。

此模組由 Bio.PDB.extract() 函式在內部使用。

class Bio.PDB.Dice.ChainSelector(chain_id, start, end, model_id=0)

基底類別:object

僅接受鏈 ID 正確,且介於開始和結束之間的殘基。

移除氫原子、水分子和配體。預設僅使用模型 0。

__init__(chain_id, start, end, model_id=0)

初始化類別。

accept_model(model)

驗證模型是否符合模型識別碼。

accept_chain(chain)

驗證鏈是否符合鏈識別碼。

accept_residue(residue)

驗證殘基序列是否介於開始和結束序列之間。

accept_atom(atom)

驗證原子是否不是氫原子。

Bio.PDB.Dice.extract(structure, chain_id, start, end, filename)

將選取的部分寫入檔案。