Bio.PDB.Dice 模組
用於切割(dicing)結構的程式碼。
此模組由 Bio.PDB.extract() 函式在內部使用。
- class Bio.PDB.Dice.ChainSelector(chain_id, start, end, model_id=0)
基底類別:
object
僅接受鏈 ID 正確,且介於開始和結束之間的殘基。
移除氫原子、水分子和配體。預設僅使用模型 0。
- __init__(chain_id, start, end, model_id=0)
初始化類別。
- accept_model(model)
驗證模型是否符合模型識別碼。
- accept_chain(chain)
驗證鏈是否符合鏈識別碼。
- accept_residue(residue)
驗證殘基序列是否介於開始和結束序列之間。
- accept_atom(atom)
驗證原子是否不是氫原子。
- Bio.PDB.Dice.extract(structure, chain_id, start, end, filename)
將選取的部分寫入檔案。