Bio.PDB.DSSP 模組

使用 DSSP 程式計算二級結構和可及性。

您需要有可用的 DSSP 版本（以及許可證，學術用途免費）才能使用此模組。有關 DSSP，請參閱 https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp/。

可以使用以下可及表面積 (ASA) 值，預設為 Sander 和 Rost 值

這裡使用的二級結構的 DSSP 碼為

代碼

結構

H

α 螺旋 (4-12)

B

孤立的 β 橋殘基

E

股

G

3-10 螺旋

I

π 螺旋

T

轉角

S

彎曲

-

無

用法

可以使用 DSSP 類別在 PDB 或 mmCIF 檔案上執行 DSSP，並提供對 DSSP 二級結構和可及性的控制代碼。

請注意，DSSP 只能處理一個模型，並且只會對提供的 PDB 檔案中的第一個模型執行計算。

範例

典型用法

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.DSSP import DSSP
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb")
model = structure[0]
dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb")

請注意，最近來自 DSSP-2 套件的可執行 DSSP 檔已從 dssp 重新命名為 mkdssp。如果使用最近的 DSSP 版本，您可能需要提供 DSSP 可執行檔的名稱

dssp = DSSP(model, '/local-pdb/1mot.pdb', dssp='mkdssp')

DSSP 資料透過一個元組來存取 - (鏈 ID, 殘基 ID)

a_key = list(dssp.keys())[2]
dssp[a_key]

為單個殘基傳回的 dssp 資料是一個元組，格式如下

元組索引

值

0

DSSP 索引

1

胺基酸

2

二級結構

3

相對 ASA

4

Phi

5

Psi

6

NH–>O_1_relidx

7

NH–>O_1_energy

8

O–>NH_1_relidx

9

O–>NH_1_energy

10

NH–>O_2_relidx

11

NH–>O_2_energy

12

O–>NH_2_relidx

13

O–>NH_2_energy
Bio.PDB.DSSP.version(version_string)

剖析語意版本架構以方便比較。

Bio.PDB.DSSP.ss_to_index(ss)

二級結構符號轉索引。

H=0 E=1 C=2

Bio.PDB.DSSP.dssp_dict_from_pdb_file(in_file, DSSP='dssp', dssp_version='3.9.9')

從 PDB 檔案建立 DSSP 字典。

參數:
in_file字串

pdb 檔案

DSSP字串

DSSP 可執行檔（子程序的參數）

dssp_version字串

DSSP 可執行檔的版本

傳回:
(out_dict, keys)元組

一個字典，將 (chainid, resid) 映射到胺基酸類型、二級結構代碼和可及性。

範例

如何使用 dssp_dict_from_pdb_file

from Bio.PDB.DSSP import dssp_dict_from_pdb_file
dssp_tuple = dssp_dict_from_pdb_file("/local-pdb/1fat.pdb")
dssp_dict = dssp_tuple[0]
print(dssp_dict['A',(' ', 1, ' ')])
Bio.PDB.DSSP.make_dssp_dict(filename)

將識別碼映射到屬性的 DSSP 字典。

從 DSSP 檔案傳回一個 DSSP 字典，將 (chainid, resid) 映射到 aa、ss 和可及性。

參數:
filename字串

DSSP 輸出檔案

class Bio.PDB.DSSP.DSSP(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')

基底類別：AbstractResiduePropertyMap

執行 DSSP 並剖析二級結構和可及性。

在 PDB/mmCIF 檔案上執行 DSSP，並提供對 DSSP 二級結構和可及性的控制代碼。

請注意，DSSP 只能處理一個模型。

範例

如何使用 DSSP

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.DSSP import DSSP
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb")
model = structure[0]
dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb")
# DSSP data is accessed by a tuple (chain_id, res_id)
a_key = list(dssp.keys())[2]
# (dssp index, amino acid, secondary structure, relative ASA, phi, psi,
# NH_O_1_relidx, NH_O_1_energy, O_NH_1_relidx, O_NH_1_energy,
# NH_O_2_relidx, NH_O_2_energy, O_NH_2_relidx, O_NH_2_energy)
dssp[a_key]
__init__(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')

建立 DSSP 物件。

參數:
model模型

結構的第一個模型

in_file字串

PDB 檔案或 DSSP 檔案。

dssp字串

dssp 可執行檔（即子程序的參數）

acc_array字串

可及表面積 (ASA)，來自 Miller 等人 (1987)、Sander & Rost (1994)、Wilke: Tien 等人 2013 或 Ahmad 等人 (2003) 字串 Sander/Wilke/Miller/Ahmad。預設為 Sander。

file_type：字串

檔案類型開關：PDB、MMCIF 或 DSSP。預設會從檔案副檔名推斷。