Bio.Blast.NCBIWWW 模組

透過網際網路調用 NCBI BLAST 伺服器的程式碼。

此模組提供程式碼以使用 NCBI 提供的 BLAST WWW 版本。https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

變數

  • email 設定 Blast 電子郵件參數（預設為 None）。

  • tool 設定 Blast 工具參數（預設為 biopython）。

Bio.Blast.NCBIWWW.qblast(program, database, sequence, url_base=NCBI_BLAST_URL, auto_format=None, composition_based_statistics=None, db_genetic_code=None, endpoints=None, entrez_query='(none)', expect=10.0, filter=None, gapcosts=None, genetic_code=None, hitlist_size=50, i_thresh=None, layout=None, lcase_mask=None, matrix_name=None, nucl_penalty=None, nucl_reward=None, other_advanced=None, perc_ident=None, phi_pattern=None, query_file=None, query_believe_defline=None, query_from=None, query_to=None, searchsp_eff=None, service=None, threshold=None, ungapped_alignment=None, word_size=None, short_query=None, alignments=500, alignment_view=None, descriptions=500, entrez_links_new_window=None, expect_low=None, expect_high=None, format_entrez_query=None, format_object=None, format_type='XML', ncbi_gi=None, results_file=None, show_overview=None, megablast=None, template_type=None, template_length=None, username='blast', password=None)

使用 NCBI 的 QBLAST 伺服器或雲端服務供應商進行 BLAST 搜尋。

支援舊 qblast API 的所有參數，用於 Put 和 Get。

請注意，NCBI 使用新的 Common URL API 在網路上進行 BLAST 搜尋 (http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html)。因此，此函式使用的一些參數並非 (或不再) 受到 NCBI 的官方支援。儘管它們仍然有效，但未來可能會發生變化。

Common URL API (http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html) 允許在雲端伺服器上進行 BLAST 搜尋。若要使用此功能，請設定 url_base='http://host.my.cloud.service.provider.com/cgi-bin/blast.cgi' 和 format_object='Alignment'。如需更多詳細資訊，請參閱 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=CloudBlast

一些有用的參數

  • program blastn、blastp、blastx、tblastn 或 tblastx（小寫）

  • database 要搜尋的資料庫（例如 “nr”）。

  • sequence 要搜尋的序列。

  • ncbi_gi TRUE/FALSE，是否給予 'gi' 識別碼。

  • descriptions 要顯示的描述數量。預設值 500。

  • alignments 要顯示的比對數量。預設值 500。

  • expect 期望值截止值。預設值 10.0。

  • matrix_name 指定替代矩陣 (PAM30、PAM70、BLOSUM80、BLOSUM45)。

  • filter “none” 關閉篩選。預設值為不篩選

  • format_type “HTML”、“Text”、“ASN.1” 或 “XML”。預設值為 “XML”。

  • entrez_query 限制 Blast 搜尋的 Entrez 查詢

  • hitlist_size 要返回的命中數。預設值 50

  • megablast TRUE/FALSE，是否使用 MEga BLAST 演算法（僅限 blastn）

  • short_query TRUE/FALSE，是否針對短查詢序列調整搜尋參數。請注意，這會覆蓋手動設定的參數，如字詞大小和 e 值。當序列長度 > 30 個殘基時關閉。預設值：None。

    short_query TRUE/FALSE 是否針對短查詢序列調整搜尋參數。請注意，這會覆蓋手動設定的參數，如字詞大小和 E 值。當序列長度 > 30 個殘基時會關閉。預設值：無。

  • service plain、psi、phi、rpsblast、megablast（小寫）

此函式不檢查參數的有效性，並按原樣將值傳遞到伺服器。更多說明可在此處找到：https://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html