Bio.Blast.Applications 模組

用於與 BLAST 相關應用程式互動的定義 (已過時)。

用於新的 NCBI BLAST+ 工具 (以 C++ 編寫) 的封裝器

NcbiblastpCommandline - 蛋白質對蛋白質 BLAST

NcbiblastnCommandline - 核苷酸對核苷酸 BLAST

NcbiblastxCommandline - 翻譯查詢對蛋白質受體 BLAST

NcbitblastnCommandline - 蛋白質查詢對翻譯受體 BLAST

NcbitblastxCommandline - 翻譯查詢對蛋白質受體 BLAST

NcbipsiblastCommandline - 位置特異性啟動的 BLAST

NcbirpsblastCommandline - 反向位置特異性 BLAST

NcbirpstblastnCommandline - 翻譯反向位置特異性 BLAST

NcbideltablastCommandline - 蛋白質對蛋白質網域增強查找時間加速 BLAST

NcbiblastformatterCommandline - 將 ASN.1 轉換為其他 BLAST 輸出格式

NcbimakeblastdbCommandline - 建立 BLAST 資料庫的應用程式

如需更多詳細資訊，請參閱

Camacho 等人。 BLAST+：架構和應用 BMC 生物資訊學 2009, 10:421 https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421

我們已決定在未來移除此模組，並建議您直接透過 subprocess 模組建立並調用命令。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', **kwargs)

基底：_NcbiblastMain2SeqCommandline

為 NCBI BLAST+ 程式 blastp (用於蛋白質) 建立命令列。

隨著 BLAST+ (以 C++ 而非 C 重寫的 BLAST) 的發布，NCBI 將舊的 blastall 工具替換為每個搜尋的獨立工具。因此，此封裝器會使用選項 -p blastp 取代 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
>>> cline = NcbiblastpCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> cline
NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> print(cline)
blastp -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote -ungapped

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='blastp', **kwargs): 初始化類別。

property best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property comp_based_stats

使用基於組成的統計資料 (字串，預設值為 2，即 True)。

0、F 或 f：不使用基於組成的統計資料

2、T 或 t、D 或 d：如生物資訊學 21:902-911, 2005 中所述的基於組成的分數調整，以序列屬性為條件

請注意，tblastn 也支援值 1 和 3。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db_hard_mask

用於硬遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為硬遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_soft_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_hard_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db_soft_mask

用於軟遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為軟遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_hard_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_soft_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property matrix

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：「yes」、「window locut hicut」或「no」以停用。預設值為「12 2.2 2.5」

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 task

要執行的任務 (字串，blastp (預設值)、blastp-fast 或 blastp-short)。

這控制了 -task 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 ungapped

僅執行無間隙比對？

此屬性控制 -ungapped 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', **kwargs)

基底：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程式 blastn（用於核苷酸）的包裝器。

隨著 BLAST+（BLAST 以 C++ 而非 C 重寫）的發布，NCBI 將舊的 blastall 工具替換為每個搜尋的獨立工具。因此，此包裝器將 BlastallCommandline 替換為選項 -p blastn。

例如，要使用 FASTA 核苷酸檔案「m_code.fasta」作為查詢，以 0.001 的期望值截斷，對「nt」核苷酸資料庫執行搜尋，並將輸出以 XML 格式儲存到檔案中

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
>>> cline = NcbiblastnCommandline(query="m_cold.fasta", db="nt", strand="plus",
...                               evalue=0.001, out="m_cold.xml", outfmt=5)
>>> cline
NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', out='m_cold.xml', outfmt=5, query='m_cold.fasta', db='nt', evalue=0.001, strand='plus')
>>> print(cline)
blastn -out m_cold.xml -outfmt 5 -query m_cold.fasta -db nt -evalue 0.001 -strand plus

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='blastn', **kwargs): 初始化類別。

屬性 best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db_hard_mask

用於硬遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為硬遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_soft_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_hard_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db_soft_mask

用於軟遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為軟遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_hard_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_soft_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 dust

使用 DUST 過濾查詢序列 (字串)。

格式： ‘yes’、 ‘level window linker’ 或 ‘no’ 停用。

預設值 = ‘20 64 1’。

這控制了 -dust 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 filtering_db

包含過濾元素（即重複序列）的 BLAST 資料庫。

這控制了 -filtering_db 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 index_name

MegaBLAST 資料庫索引名稱。

這控制了 -index_name 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 min_raw_gapped_score

在初步有間隙和回溯階段中保持比對的最低原始有間隙分數 (整數)。

這控制了 -min_raw_gapped_score 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 no_greedy

使用非貪婪動態程式設計延伸

此屬性控制 -no_greedy 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 off_diagonal_range

要搜尋第二個比對結果的非對角線數量 (整數)。

預期為正整數，或 0 (預設值) 以關閉此功能。在 BLAST 2.2.23+ 版本中新增。

這會控制 `-off_diagonal_range` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 penalty

核苷酸不匹配的懲罰 (整數，最大為零)。

這會控制 `-penalty` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 perc_identity

百分比一致性 (實數，包含 0 到 100)。

這會控制 `-perc_identity` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 reward

核苷酸匹配的獎勵 (整數，至少為零)。

這會控制 `-reward` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 strand

要針對資料庫/目標搜尋的查詢鏈。

允許的值為「both」(預設值)、「minus」、「plus」。

這會控制 `-strand` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 task

要執行的任務 (字串，預設值為 'megablast')

允許的值為 'blastn'、'blastn-short'、'dc-megablast'、'megablast' (預設值) 或 'vecscreen'。

這控制了 -task 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 template_length

不連續 MegaBLAST 範本長度 (整數)。

允許的值：16、18、21。

需要：template_type。

這會控制 `-template_length` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 template_type

不連續 MegaBLAST 範本類型 (字串)。

允許的值：'coding'、'coding_and_optimal' 或 'optimal'。需要：template_length。

這會控制 `-template_type` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 ungapped

僅執行無間隙比對？

此屬性控制 -ungapped 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 use_index

使用 MegaBLAST 資料庫索引 (布林值，預設值 = False)

這會控制 `-use_index` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_masker_db

使用此重複資料庫啟用 WindowMasker 過濾功能 (字串)。

這會控制 `-window_masker_db` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 window_masker_taxid

使用分類 ID 啟用 WindowMasker 過濾功能 (整數)。

這會控制 `-window_masker_taxid` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', **kwargs)

基底：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程式 blastx (核苷酸查詢，蛋白質資料庫) 的包裝函式。

隨著 BLAST+ 的發布 (BLAST 以 C++ 而非 C 重寫)，NCBI 以個別搜尋工具取代了舊的 blastall 工具。因此，這個包裝函式會取代帶有選項 `-p blastx` 的 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> cline = NcbiblastxCommandline(query="m_cold.fasta", db="nr", evalue=0.001)
>>> cline
NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', query='m_cold.fasta', db='nr', evalue=0.001)
>>> print(cline)
blastx -query m_cold.fasta -db nr -evalue 0.001

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='blastx', **kwargs): 初始化類別。

屬性 best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 comp_based_stats

針對 blastp、blastx 或 tblastn 使用基於組成的統計。

D 或 d：預設值 (相當於 2)

0 或 F 或 f：不使用基於組成的統計

1：如 NAR 29:2994-3005, 2001 中所述的基於組成的統計

2 或 T 或 t：基於組成的分數調整，如 Bioinformatics 21:902-911, 2005 所述，並以序列屬性為條件。

3：基於組成的分數調整，如 Bioinformatics 21:902-911, 2005 所述，無條件調整。

對於 tblastn 以外的程式，必須不存在，或是 D、F 或 0。

預設值 = 2。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db_hard_mask

用於硬遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為硬遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_soft_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_hard_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db_soft_mask

用於軟遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為軟遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_hard_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_soft_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property frame_shift_penalty

框架偏移懲罰（整數，至少 1，預設值忽略）（已過時）。

此功能已在 BLAST 2.2.27+ 版本中移除。

此設定控制 `-frame_shift_penalty` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property matrix

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_intron_length

最大內含子長度（整數）。

在連結多個不同的比對時，轉譯核苷酸序列中允許的最大內含子長度（負值禁用連結）。預設值為零。

此設定控制 `-max_intron_length` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_gencode

用於轉譯查詢的遺傳密碼（整數，預設值為 1）。

此設定控制 `-query_gencode` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：”yes”、”window locut hicut”，或 “no” 以停用。預設值為 “12 2.2 2.5”。

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property strand

要針對資料庫/目標搜尋的查詢鏈。

允許的值為「both」(預設值)、「minus」、「plus」。

這會控制 `-strand` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

property subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property task

要執行的任務（字串，blastx (預設) 或 blastx-fast）。

這控制了 -task 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property ungapped

僅執行無間隙比對？

此屬性控制 -ungapped 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性版本

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性視窗大小

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性字詞大小

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', **kwargs)

基底：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程式 tblastn 的包裝函式。

隨著 BLAST+（以 C++ 而非 C 重新編寫的 BLAST）的發布，NCBI 將舊的 blastall 工具替換為每個搜尋的獨立工具。因此，此包裝函式取代了帶有選項 -p tblastn 的 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastnCommandline
>>> cline = NcbitblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', help=True)
>>> print(cline)
tblastn -help

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='tblastn', **kwargs): 初始化類別。

屬性最佳比對懸垂

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性最佳比對分數邊緣

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性基於組成的統計

使用基於組成的統計資料 (字串，預設值為 2，即 True)。

0、F 或 f：不使用基於組成的統計資料

1：如 NAR 29:2994-3005, 2001 中所述的基於組成的統計

2、T 或 t、D 或 d：如生物資訊學 21:902-911, 2005 中所述的基於組成的分數調整，以序列屬性為條件

3：根據 Bioinformatics 21:902-911, 2005 中的基於組成的分數調整，無條件執行

請注意，只有 tblastn 支援 1 和 3 的值。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性剔除限制

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性資料庫

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性資料庫遺傳密碼

用於轉譯查詢的遺傳密碼（整數，預設值為 1）。

這會控制 -db_gencode 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性資料庫硬遮罩

用於硬遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為硬遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_soft_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_hard_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性資料庫軟遮罩

用於軟遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為軟遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_hard_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_soft_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性資料庫大小

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 Entrez 查詢

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 e 值

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性匯出搜尋策略

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性框架平移懲罰

框架偏移懲罰（整數，至少 1，預設值忽略）（已過時）。

此功能已在 BLAST 2.2.27+ 版本中移除。

此設定控制 `-frame_shift_penalty` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性間隙延伸

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性間隙開啟

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gi 列表

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性說明

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性匯入搜尋策略

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 in_pssm

PSI-BLAST 檢查點檔案。

與以下項目不相容：remote、query

這會控制 -in_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性小寫遮罩

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性行長度

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性矩陣

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性最大高分片段對數

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性每個標的最大高分片段對數

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性最大內含子長度

最大內含子長度（整數）。

在連結多個不同的比對時，轉譯核苷酸序列中允許的最大內含子長度（負值禁用連結）。預設值為零。

此設定控制 `-max_intron_length` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性最大目標序列數

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性負 gi 列表

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性負序列 ID 列表

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性比對數量

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性描述數量

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性執行緒數量

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性輸出

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性輸出格式

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性剖析定義行

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性查詢涵蓋範圍高分片段百分比

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性查詢

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式： “yes”、“window locut hicut”，或 “no” 以停用。

預設值為 “12 2.2 2.5”

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 task

要執行的任務 (字串，tblastn (預設) 或 tblastn-fast)。

這控制了 -task 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 ungapped

僅執行無間隙比對？

此屬性控制 -ungapped 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', **kwargs)

基底：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程式 tblastx 的包裝函式。

隨著 BLAST+ (BLAST 以 C++ 而非 C 重寫) 的發布，NCBI 將舊的 blastall 工具替換為每個搜尋的單獨工具。因此，此包裝函式會取代具有選項 -p tblastx 的 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastxCommandline
>>> cline = NcbitblastxCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', help=True)
>>> print(cline)
tblastx -help

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='tblastx', **kwargs): 初始化類別。

屬性 best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db_gencode

用於轉譯查詢的遺傳密碼（整數，預設值為 1）。

這會控制 -db_gencode 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 db_hard_mask

用於硬遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為硬遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_soft_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_hard_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db_soft_mask

用於軟遮罩的篩選演算法 (整數)。

要作為軟遮罩應用於 BLAST 資料庫的篩選演算法 ID。與 db_hard_mask、subject、subject_loc 不相容

這控制 -db_soft_mask 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 matrix

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_intron_length

最大內含子長度（整數）。

在連結多個不同的比對時，轉譯核苷酸序列中允許的最大內含子長度（負值禁用連結）。預設值為零。

此設定控制 `-max_intron_length` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_gencode

用於轉譯查詢的遺傳密碼（整數，預設值為 1）。

此設定控制 `-query_gencode` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式： “yes”、“window locut hicut”，或 “no” 以停用。

預設值為 “12 2.2 2.5”

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 strand

要針對資料庫/目標搜尋的查詢鏈。

允許的值為「both」(預設值)、「minus」、「plus」。

這會控制 `-strand` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

屬性 subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', **kwargs)

基底類別：_Ncbiblast2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程式 psiblast 的包裝器。

隨著 BLAST+ 的發布（BLAST 使用 C++ 而非 C 重寫），NCBI 將舊的 blastpgp 工具替換為類似的工具 psiblast。因此，此包裝器取代了 blastpgp 的包裝器 BlastpgpCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbipsiblastCommandline
>>> cline = NcbipsiblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', help=True)
>>> print(cline)
psiblast -help

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='psiblast', **kwargs): 初始化類別。

屬性 best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 comp_based_stats

使用基於組成的統計資料 (字串，預設值為 2，即 True)。

0、F 或 f：不使用基於組成的統計資料

2、T 或 t、D 或 d：如生物資訊學 21:902-911, 2005 中所述的基於組成的分數調整，以序列屬性為條件

請注意，tblastn 也支援值 1 和 3。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gap_trigger

觸發間隙所需的位元數（浮點數，預設值為 22）。

這會控制 -gap_trigger 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 ignore_msa_master

在建立 PSSM 時忽略主序列。

需要：in_msa 與以下項目不相容：msa_master_idx、in_pssm、query、query_loc、phi_pattern

此屬性控制 -ignore_msa_master 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 in_msa

多序列比對的檔案名稱，用於重新啟動 PSI-BLAST。

與以下項目不相容：in_pssm、query

這會控制 -in_msa 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

屬性 in_pssm

PSI-BLAST 檢查點檔案。

不相容於：in_msa, query, phi_pattern

這會控制 -in_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 inclusion_ethresh

成對比對的 E 值包含閾值（浮點數，預設值為 0.002）。

這會控制 -inclusion_ethresh 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 matrix

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 msa_master_idx

要用作 MSA 中主序列的序列索引。

在多序列比對中，用作主序列的序列索引（從 1 開始）。如果未指定，則使用第一個序列。

這會控制 -msa_master_idx 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 num_iterations

要執行的迭代次數（整數，至少為 1）。

預設值為 1。不相容於：remote

這會控制 -num_iterations 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 out_ascii_pssm

儲存 PSSM 的 ASCII 版本之檔案名稱。

這會控制 -out_ascii_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 out_pssm

儲存檢查點檔案的檔案名稱。

這會控制 -out_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 phi_pattern

包含要搜尋的模式之檔案名稱。

不相容於：in_pssm

這會控制 -phi_pattern 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 pseudocount

建構 PSSM 時使用的虛擬計數值。

整數。預設值為零。

這會控制 -pseudocount 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 save_each_pssm

在每次迭代後儲存 PSSM

檔案名稱在 -save_pssm 或 -save_ascii_pssm 選項中給定。

此屬性控制 -save_each_pssm 開關的加入，將此屬性視為布林值。

屬性 save_pssm_after_last_round

在上次資料庫搜尋後儲存 PSSM。

此屬性控制 -save_pssm_after_last_round 開關的加入，將此屬性視為布林值。

屬性 searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：「yes」、「window locut hicut」，或「no」停用。預設值為「12 2.2 2.5」

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', **kwargs)

繼承自：_NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+ 程式 rpsblast 的封裝器。

隨著 BLAST+ 的發布 (BLAST 以 C++ 而非 C 重新編寫)，NCBI 將舊的 rpsblast 工具替換為名稱相同的類似工具。這個封裝器取代了舊的 rpsblast 的封裝器 RpsBlastCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpsblastCommandline
>>> cline = NcbirpsblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', help=True)
>>> print(cline)
rpsblast -help

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='rpsblast', **kwargs): 初始化類別。

property best_hit_overhang

最佳比對演算法的懸垂值 (建議值：0.1)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property best_hit_score_edge

最佳比對演算法的分數邊緣值 (建議值：0.1)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property comp_based_stats

使用基於組成的統計資料。

D 或 d：預設值（相當於 0）

0 或 F 或 f：簡化的基於組成的統計資料，如 Bioinformatics 15:1000-1011, 1999

1 或 T 或 t：基於組成的統計資料，如 NAR 29:2994-3005, 2001

預設值 = 0。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果一個比對的查詢範圍被至少這麼多較高分數的比對所包圍，則刪除該比對。與：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：”yes”、”window locut hicut”，或 “no” 以停用。預設值為 “12 2.2 2.5”。

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', **kwargs)

繼承自：_NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+ 程式 rpstblastn 的封裝器。

隨著 BLAST+ 的發布 (BLAST 以 C++ 而非 C 重新編寫)，NCBI 將舊的 rpsblast 工具替換為名稱相同的類似工具，並為 Translated Reverse Position Specific BLAST 提供了一個獨立的工具 rpstblastn。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpstblastnCommandline
>>> cline = NcbirpstblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', help=True)
>>> print(cline)
rpstblastn -help

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='rpstblastn', **kwargs): 初始化類別。

property comp_based_stats

使用基於組成的統計資料。

D 或 d：預設值（相當於 0）

0 或 F 或 f：簡化的基於組成的統計資料，如 Bioinformatics 15:1000-1011, 1999

1 或 T 或 t：基於組成的統計資料，如 NAR 29:2994-3005, 2001

預設值 = 0。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_gencode

用於轉譯查詢的遺傳密碼（整數，預設值為 1）。

此設定控制 `-query_gencode` 參數及其關聯值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：「yes」、「window locut hicut」，或「no」停用。預設值為「12 2.2 2.5」

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property strand

要針對資料庫/目標搜尋的查詢鏈。

允許的值為「both」(預設值)、「minus」、「plus」。

這會控制 `-strand` 參數及其相關值的加入。請將此屬性設定為所需之參數值。

property sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property ungapped

僅執行無間隙比對？

此屬性控制 -ungapped 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

property window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

property xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', **kwargs)

基底類別：_NcbibaseblastCommandline

NCBI BLAST+ 程式 blast_formatter 的包裝器。

隨著 BLAST 2.2.24+ 的發佈 (即以 C++ 而非 C 重新編寫的 BLAST 套件)，NCBI 在所有搜尋工具中新增了 ASN.1 輸出格式選項，並擴展了 blast_formatter 以支援此格式作為輸入。

blast_formatter 命令允許您將 ASN.1 輸出轉換為其他輸出格式 (XML、表格、純文字、HTML)。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastformatterCommandline
>>> cline = NcbiblastformatterCommandline(archive="example.asn", outfmt=5, out="example.xml")
>>> cline
NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', out='example.xml', outfmt=5, archive='example.asn')
>>> print(cline)
blast_formatter -out example.xml -outfmt 5 -archive example.asn

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

請注意，這個包裝器適用於 BLAST 2.2.24+（或更新版本）中的 blast_formatter 版本，這是 NCBI 首次宣布包含此工具的時間。實際上，在 BLAST 2.2.23+（以及可能更早的版本）中有一個早期版本，但它沒有 -archive 選項（而是 -rid 作為強制參數），並且此包裝器不支援此版本。

__init__(cmd='blast_formatter', **kwargs): 初始化類別。

property archive

結果的封存檔案，與 rid 參數不相容。

這控制 -archive 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大對齊序列數。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property rid

BLAST 請求 ID (RID)，與 archive 參數不相容。

這控制 -rid 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

class Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', **kwargs)

基底類別：_Ncbiblast2SeqCommandline

為 NCBI BLAST+ 程式 deltablast（用於蛋白質）建立命令列。

這是 NCBI BLAST+ 軟體中包含的 deltablast 命令列指令的包裝器（原始 BLAST 中不存在）。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbideltablastCommandline
>>> cline = NcbideltablastCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True)
>>> cline
NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True)
>>> print(cline)
deltablast -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='deltablast', **kwargs): 初始化類別。

property best_hit_overhang

最佳匹配演算法懸垂值 (浮點數，建議值：0.1)

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_overhang 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property best_hit_score_edge

最佳匹配演算法分數邊緣值 (浮點數)。

包含 0.0 和 0.5 之間的浮點數。建議值：0.1

與 culling_limit 不相容。

這控制 -best_hit_score_edge 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property comp_based_stats

使用基於組成的統計資料 (字串，預設值為 2，即 True)。

0, F 或 f：無基於組成的統計數據。

2、T 或 t、D 或 d：如生物資訊學 21:902-911, 2005 中所述的基於組成的分數調整，以序列屬性為條件

請注意，tblastn 也支援值 1 和 3。

這控制 -comp_based_stats 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property culling_limit

命中剔除限制 (整數)。

如果命中的查詢範圍被至少這麼多個得分更高的命中包圍，則刪除該命中。

與 best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不相容。

這控制 -culling_limit 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property db

要進行 BLAST 比對的資料庫。

這控制 -db 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property dbsize

資料庫的有效長度 (整數)。

這控制 -dbsize 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property domain_inclusion_ethresh

具有保守域的比對的 E 值包含閾值。

（浮點數，預設值為 0.05）

這控制 -domain_inclusion_ethresh 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property entrez_query

使用給定的 Entrez 查詢限制搜尋 (需要遠端)。

這控制 -entrez_query 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property evalue

期望值截斷。

這控制 -evalue 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property export_search_strategy

記錄使用的搜尋策略的檔案名稱。

與 import_search_strategy 不相容

這控制 -export_search_strategy 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gap_trigger

觸發間隙的位元數。預設值 = 22。

這會控制 -gap_trigger 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gapextend

擴展間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapextend 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gapopen

開啟間隙的成本 (整數)。

這控制 -gapopen 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property gilist

將資料庫搜尋限制為 GI 列表。

與 negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不相容

此設定控制 `-gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property html

產生 HTML 輸出？另請參閱 outfmt 選項。

此屬性控制 `-html` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property import_search_strategy

要使用的搜尋策略。

與以下項目不相容：export_search_strategy

此設定控制 `-import_search_strategy` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property inclusion_ethresh

成對比對的 E 值包含閾值（浮點數，預設值為 0.002）。

這會控制 -inclusion_ethresh 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

property lcase_masking

在查詢和受試序列中使用小寫字母過濾嗎？

此屬性控制 `-lcase_masking` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property line_length

格式化比對的行長度（整數，至少為 1，預設為 60）。

不適用於 outfmt > 4。在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-line_length` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property matrix

評分矩陣名稱（預設為 BLOSUM62）。

此設定控制 `-matrix` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps

設定每個受試序列儲存的最大 HSP 數量

預設值 0 表示無限制。

此設定控制 `-max_hsps` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_hsps_per_subject

覆寫每個受試者儲存的最大 HSP 數量，用於非間隙搜尋（整數）。

此設定控制 `-max_hsps_per_subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的最大比對序列數量（整數，至少為 1）。

此設定控制 `-max_target_seqs` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_gilist

將資料庫搜尋限制為列出的 GI 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_gilist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property negative_seqidlist

將資料庫搜尋限制為列出的 SeqID 以外的所有內容。

與以下項目不相容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-negative_seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_alignments

要顯示 num_alignments 的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 200。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_alignments` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_descriptions

要顯示單行描述的資料庫序列數量。

整數參數（至少為零）。預設為 500。另請參閱 num_alignments。

此設定控制 `-num_descriptions` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property num_iterations

要執行的迭代次數。（整數 >=1，預設值為 1）。

與以下項目不相容：remote

這會控制 -num_iterations 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

property num_threads

在 BLAST 搜尋中使用的執行緒數量。

整數，至少為 1。預設為 1。與以下項目不相容：remote

此設定控制 `-num_threads` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 out_ascii_pssm

儲存 PSSM 的 ASCII 版本之檔案名稱。

這會控制 -out_ascii_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 out_pssm

儲存檢查點檔案的檔案名稱。

這會控制 -out_pssm 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 outfmt

比對檢視。通常是整數 0-14，但對於某些格式，可以使用像 '6 qseqid sseqid' 這樣的命名欄。使用 5 表示 XML 輸出（與經典 BLAST 使用 7 表示 XML 不同）。

此設定控制 `-outfmt` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 parse_deflines

是否應解析查詢和受試 defline？

此屬性控制 `-parse_deflines` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 pseudocount

建構 PSSM 時使用的假計數值（整數，預設值為 0）。

這會控制 -pseudocount 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需參數值。

屬性 qcov_hsp_perc

每個 hsp 的查詢涵蓋率百分比（浮點數，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

此設定控制 `-qcov_hsp_perc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query

要用於搜尋的序列。

此設定控制 `-query` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 query_loc

查詢序列上的位置（格式：start-stop）。

此設定控制 `-query_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 remote

遠端執行搜尋？

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此屬性控制 `-remote` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 rpsdb

BLAST 網域資料庫名稱（字串，預設值為 ‘cdd_delta’）。

此屬性控制 -rpsdb 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 save_each_pssm

在每次迭代後儲存 PSSM。

檔案名稱在 -save_pssm 或 -save_ascii_pssm 選項中給定。

此屬性控制 -save_each_pssm 開關的加入，將此屬性視為布林值。

屬性 save_pssm_after_last_round

在上次資料庫搜尋後儲存 PSSM。

此屬性控制 -save_pssm_after_last_round 開關的加入，將此屬性視為布林值。

屬性 searchsp

搜尋空間的有效長度（整數）。

此設定控制 `-searchsp` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seg

使用 SEG 過濾查詢序列（字串）。

格式：「yes」、「window locut hicut」，或「no」停用。預設值為「12 2.2 2.5」

此設定控制 `-seg` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 seqidlist

將資料庫搜尋限制為 SeqID 列表。

與以下項目不相容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

此設定控制 `-seqidlist` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 show_domain_hits

顯示網域命中？

與以下屬性不相容：remote, subject

此屬性控制 -show_domain_hits 開關的添加，請將此屬性視為布林值。

屬性 show_gis

在 defline 中顯示 NCBI GI？

此屬性控制 `-show_gis` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 soft_masking

將過濾位置應用為軟遮罩（布林值，預設值 = true）。

此設定控制 `-soft_masking` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject

要搜尋的受試序列。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另請參閱 subject_loc。

此設定控制 `-subject` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 subject_loc

受試序列上的位置（格式：start-stop）。

與以下項目不相容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另請參閱 subject。

此設定控制 `-subject_loc` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 sum_statistics

使用總和統計資料。

此屬性控制 `-sum_statistics` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 sum_stats

使用總和統計 (布林值)。

在 BLAST+ 2.2.30 中新增。

這控制了 -sum_stats 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 threshold

將單字添加到 BLAST 查找表的最低分數 (浮點數)。

這控制了 -threshold 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 use_sw_tback

計算局部最佳 Smith-Waterman 比對？

此屬性控制 -use_sw_tback 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。

屬性 window_size

多重比對視窗大小，使用 0 指定 1-hit 演算法 (整數)。

這控制了 -window_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 word_size

單字查找演算法的單字大小。

整數。最小值 2。

這控制了 -word_size 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap

初步有間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_gap_final

最終有間隙比對的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_gap_final 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 xdrop_ungap

無間隙延伸的 X-dropoff 值（以位元為單位）(浮點數)。

這控制了 -xdrop_ungap 參數及其相關值的添加。將此屬性設定為所需的參數值。

類別 Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', **kwargs)

基礎類別：AbstractCommandline

NCBI BLAST+ 程式 makeblastdb 的包裝函式。

這是 NCBI BLAST+ makeblastdb 應用程式的包裝函式，用於建立 BLAST 資料庫。預設情況下，這會建立一個與輸入檔案同名的 BLAST 資料庫。預設輸出位置與輸入檔案所在的目錄相同。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbimakeblastdbCommandline
>>> cline = NcbimakeblastdbCommandline(dbtype="prot",
...                                    input_file="NC_005816.faa")
>>> cline
NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', dbtype='prot', input_file='NC_005816.faa')
>>> print(cline)
makeblastdb -dbtype prot -in NC_005816.faa

您通常會使用 cline() 或透過 Python subprocess 模組執行命令列，如 Biopython 教學中所述。

__init__(cmd='makeblastdb', **kwargs): 初始化類別。

屬性 blastdb_version

要建立的 BLAST 資料庫版本。提示：在 32 位元 CPU 上使用 BLAST 資料庫版本 4。預設值 = 5

此屬性控制 -blastdb_version 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 dbtype

目標資料庫的分子類型（‘nucl’ 或 ‘prot’）。

此屬性控制 -dbtype 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 gi_mask

建立 GI 索引的遮罩資料。

此屬性控制 -gi_mask 開關的添加，請將此屬性視為布林值。

屬性 gi_mask_name

以逗號分隔的遮罩資料輸出檔案清單。

此屬性控制 -gi_mask_name 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 h

印出 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他參數。

此屬性控制 `-h` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 hash_index

建立序列雜湊值的索引。

此屬性控制 -hash_index 開關的添加，請將此屬性視為布林值。

屬性 help

印出 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 描述；忽略其他參數。

此屬性控制 `-help` 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

屬性 input_file

輸入檔案/資料庫名稱。

此屬性控制 -in 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 input_type

在 input_file 中指定的資料類型。

預設值 = ‘fasta’。在 BLAST 2.2.26 中新增。

此屬性控制 -input_type 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 logfile

程式日誌應重新導向到的檔案。

此屬性控制 -logfile 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 mask_data

以逗號分隔的輸入檔案清單，其中包含由 NCBI 遮罩應用程式（例如 dustmasker、segmasker、windowmasker）產生的遮罩資料。

此屬性控制 -mask_data 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 mask_desc

以逗號分隔的自由格式字串清單，用於描述遮罩演算法的詳細資訊。

此屬性控制 -mask_desc 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 mask_id

以逗號分隔的字串清單，用於唯一識別遮罩演算法。

此屬性控制 -mask_id 參數及其關聯值的添加。請將此屬性設定為所需的參數值。

屬性 max_file_sz

BLAST 資料庫檔案的最大檔案大小。預設值 = ‘1GB’。

此設定控制 -max_file_sz 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property out

比對的輸出檔案。

此設定控制 `-out` 參數及其關聯值的加入。將此屬性設定為所需的參數值。

property parse_seqids

如果設定，則會剖析 FASTA 輸入的序列 ID 的選項。

對於所有其他輸入類型，序列 ID 會自動剖析。

此屬性控制 -parse_seqids 開關的加入，請將此屬性視為布林值。

property taxid

要指定給所有序列的生物分類 ID。

此設定控制 -taxid 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property taxid_map

將序列 ID 對應到生物分類 ID 的文字檔。

格式：<序列 ID> <生物分類 ID><換行>

此設定控制 -taxid_map 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property title

BLAST 資料庫的標題。

此設定控制 -title 參數及其相關值的加入。將此屬性設定為所需的引數值。

property version

列印版本號；忽略其他參數。

此屬性控制 -version 開關的添加，將此屬性視為布林值。