Bio.Blast.NCBIXML 模組
用於處理 BLAST XML 輸出的程式碼。
BLAST XML DTD 檔案可在 NCBI 網站上找到：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd
用於保存 BLAST 輸出的記錄類別為：
類別：Blast 保存 BLAST 搜尋的所有資訊。PSIBlast 保存 psi-blast 搜尋的所有資訊。
Header 保存標頭的資訊。Description 保存一個命中描述的資訊。Alignment 保存一個比對命中的資訊。HSP 保存一個 HSP 的資訊。MultipleAlignment 保存多重比對的資訊。DatabaseReport 保存資料庫報告的資訊。Parameters 保存參數的資訊。
- Bio.Blast.NCBIXML.fmt_(value, format_spec='%s', default_str='<unknown>')
確保給定的值可以正確格式化為字串。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Header
基底類別：
object保存 BLAST 標頭的資訊。
成員：application 產生此資料的 BLAST 風味的名稱。version 使用的 blast 版本。date 產生此資料的日期。reference blast 的參考文獻。
query 查詢序列的名稱。query_letters 查詢序列中的字母數。（整數）
database 資料庫的名稱。database_sequences 資料庫中的序列數。（整數）database_letters 資料庫中的字母數。（整數）
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Description
基底類別：
object儲存描述區段中一個命中的資訊。
成員：title 命中的標題。score 位元數。（整數）bits 位元分數。（浮點數）e E 值。（浮點數）num_alignments 同一主題的比對數。（整數）
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
將描述返回為字串。
- class Bio.Blast.NCBIXML.DescriptionExt
基底類別：
DescriptionBLASTXML 版本 2 的擴展描述記錄。
成員：items DescriptionExtItem 的列表
- __init__()
初始化類別。
- append_item(item)
加入擴展描述記錄。
- class Bio.Blast.NCBIXML.DescriptionExtItem
基底類別：
object儲存 BLASTXML 版本 2 的命中描述中一筆記錄的資訊。
成員：id 資料庫識別碼 title 命中的標題。
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
將描述識別碼和標題返回為字串。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Alignment
基底類別：
object儲存比對區段中一個命中的資訊。
成員：title 名稱。hit_id 命中識別碼。（字串）hit_def 命中定義。（字串）length 長度。（整數）hsps HSP 物件的列表。
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
將 BLAST 比對返回為格式化的字串。
- class Bio.Blast.NCBIXML.HSP
基底類別：
object儲存比對命中中一個 hsp 的資訊。
- 成員：
score 命中的 BLAST 分數。（浮點數）
bits 該分數的位元數。（浮點數）
expect 期望值。（浮點數）
num_alignments 同一主題的比對數。（整數）
identities 身分數（整數），如果使用 XML 剖析器。身分數/總比對數（整數，整數）的元組，如果使用（已過時的）純文字剖析器。
positives 正值數（整數），如果使用 XML 剖析器。正值數/總比對數（整數，整數）的元組，如果使用（已過時的）純文字剖析器。
gaps 間隙數（整數），如果使用 XML 剖析器。間隙數/總比對數（整數，整數）的元組，如果使用（已過時的）純文字剖析器。
align_length 比對的長度。（整數）
strand (query, target) 鏈的元組。
frame 1 或 2 個移碼的元組，取決於風味。
query 查詢序列。
query_start 查詢序列的起始殘基。（以 1 為基礎）
query_end 查詢序列的終止殘基。（以 1 為基礎）
match 比對序列。
sbjct sbjct 序列。
sbjct_start sbjct 序列的起始殘基。（以 1 為基礎）
sbjct_end sbjct 序列的終止殘基。（以 1 為基礎）
並非所有風味的 BLAST 都會返回每個屬性的值
score expect identities positives strand frame BLASTP X X X X BLASTN X X X X X BLASTX X X X X X TBLASTN X X X X X TBLASTX X X X X X/X
注意：對於 BLASTX，查詢序列會顯示為蛋白質序列，但編號基於核苷酸。因此，編號是胺基酸殘基數的 3 倍大。在 TBLASTN 中的 sbjct 序列，以及 TBLASTX 中的兩個序列中，可以看到類似的效果。
此外，對於負值框，序列編號會從 query_start 開始並向下計數。
- __init__()
初始化類別。
- __str__()
將 BLAST HSP 返回為格式化的字串。
- class Bio.Blast.NCBIXML.MultipleAlignment
基底類別：
object保存多重比對的資訊。
成員：alignment (名稱、起始殘基、序列、終止殘基) 元組的列表。
起始殘基以 1 為基礎。如果該序列未在多重比對中比對，則可能為空白。
- __init__()
初始化類別。
- to_generic()
為給定的比對擷取泛型比對物件。
此物件不是元組，而是從 Bio.Align 返回一個 MultipleSeqAlignment 物件，您可以使用它來操作和查詢該物件。
感謝 James Casbon 提供程式碼。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Round
基底類別：
object保存 PSI-BLAST 回合的資訊。
成員：number 回合數。（整數）reused_seqs 模型中的序列，再次找到。Description 物件的列表。new_seqs 未找到或低於閾值的序列。Description 的列表。alignments Alignment 物件的列表。multiple_alignment MultipleAlignment 物件。
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.DatabaseReport
基底類別：
object保存資料庫報告的資訊。
成員：database_name 資料庫名稱列表。（可以有多個資料庫）num_letters_in_database 資料庫中的字母數量。（整數）num_sequences_in_database 資料庫中序列數量的列表。posted_date 資料庫發佈的日期列表。ka_params (lambda, k, h) 值的元組。（浮點數）gapped # XXX 這個設定不正確！ka_params_gap (lambda, k, h) 值的元組。（浮點數）
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Parameters
基底類別：
object保存關於參數的資訊。
成員：matrix 矩陣的名稱。gap_penalties (open, extend) 懲罰的元組。（浮點數）sc_match 核苷酸-核苷酸比對的匹配分數 sc_mismatch 核苷酸-核苷酸比對的錯配懲罰 num_hits 資料庫的命中數。（整數）num_sequences 序列的數量。（整數）num_good_extends 延伸的數量。（整數）num_seqs_better_e 優於 e 值之序列的數量。（整數）hsps_no_gap 沒有間隙的較佳 HSP 數量。（整數）hsps_prelim_gapped 初步測試中帶間隙的 HSP 數量。（整數）hsps_prelim_gapped_attemped 初步測試中嘗試的 HSP 數量。（整數）hsps_gapped 帶間隙的 HSP 總數。（整數）query_length 查詢的長度。（整數）query_id 查詢序列的識別符。（字串）database_length 資料庫中的字母數量。（整數）effective_hsp_length 有效 HSP 長度。（整數）effective_query_length 查詢的有效長度。（整數）effective_database_length 資料庫的有效長度。（整數）effective_search_space 有效搜尋空間。（整數）effective_search_space_used 使用的有效搜尋空間。（整數）frameshift 移碼窗口。(整數, 浮點數) threshold 門檻值。（整數）window_size 窗口大小。（整數）dropoff_1st_pass (分數, 位元) 的元組。（整數, 浮點數）gap_x_dropoff (分數, 位元) 的元組。（整數, 浮點數）gap_x_dropoff_final (分數, 位元) 的元組。（整數, 浮點數）gap_trigger (分數, 位元) 的元組。（整數, 浮點數）blast_cutoff (分數, 位元) 的元組。（整數, 浮點數）
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.Blast
基礎類別：
Header,DatabaseReport,Parameters保存 blast 搜尋的結果。
成員：descriptions Description 物件的列表。alignments Alignment 物件的列表。multiple_alignment MultipleAlignment 物件。 + 從基礎類別繼承的成員
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.PSIBlast
基礎類別：
Header,DatabaseReport,Parameters保存 blastpgp 搜尋的結果。
成員：rounds Round 物件的列表。converged 搜尋是否收斂。+ 從基礎類別繼承的成員
- __init__()
初始化類別。
- class Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser(debug=0)
基礎類別：
_XMLparser將 XML BLAST 資料解析為 Blast 物件。
解析來自 BLAST 的 XML 輸出（不建議直接使用）。這（現在）會返回 Blast 記錄的列表。歷史上，它返回單個 Blast 記錄。您應該透過 parse 或 read 函數來使用它。
所有 XML 'action' 方法都是私有方法，可能
_start_TAG在找到開始標籤時被呼叫_end_TAG在找到結束標籤時被呼叫
- __init__(debug=0)
初始化解析器。
- 引數
debug - 整數，要列印的除錯資訊量
- reset()
重置所有資料，允許重複使用 BlastParser() 物件。
- set_hit_id()
記錄資料庫序列的識別符 (私有)。
- set_hit_def()
記錄資料庫序列的定義行 (私有)。
- set_hit_accession()
記錄資料庫序列的 accession 值 (私有)。
- set_hit_len()
記錄命中的長度。
- Bio.Blast.NCBIXML.read(handle, debug=0)
返回單個 Blast 記錄（假設只有一個查詢）。
在內部使用 BlastParser。
當您的 XML 檔案中只有一個 BLAST 結果時，使用此函數。
如果您預期有多個 BLAST 記錄（即，如果您有多個查詢序列），請使用 Bio.Blast.NCBIXML.parse() 函數。
- Bio.Blast.NCBIXML.parse(handle, debug=0)
為每個查詢返回一個 Blast 記錄的迭代器。
增量解析器，這是一個返回 Blast 記錄的迭代器。它在內部使用 BlastParser。
handle - 要解析的 XML 檔案的檔案句柄 debug - 整數，要列印的除錯資訊量
這是一個產生器函數，會返回多個 Blast 記錄物件 - 每個物件對應一個傳給 blast 的查詢序列。檔案是逐步讀取的，並在讀取完成時返回完整的記錄。
應該能夠處理新的 BLAST 2.2.14+，它為多個查詢記錄提供單個 XML 檔案。
也應該能夠處理來自較舊版本 BLAST 的 XML 輸出，該輸出將多個 XML 檔案串連在一起（產生一個嚴格來說不是有效的 XML 的單個檔案）。