Bio.Align.chain 模組

Bio.Align 支援 “chain” 成對比對格式。

如 UCSC 所述，chain 檔案在單個檔案中儲存一系列成對比對。它們通常用於基因體到基因體的比對。Chain 檔案儲存對齊片段的長度、比對間隙和比對分數，但不儲存對齊的序列。

請參閱 https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/chain.html。

您應該透過 Bio.Align 函數使用此模組。

chain 檔案格式中的座標是以零基準的起始位置（如 Python）和對齊區域大小來定義的。

class Bio.Align.chain.AlignmentWriter(target)

基礎類別：AlignmentWriter

用於 UCSC chain 檔案格式的比對檔案寫入器。

fmt: str | None = 'chain'

format_alignment(alignment)

返回一個字串，其中一個比對格式化為一個 chain 區塊。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.chain.AlignmentIterator(source)

基礎類別：AlignmentIterator

用於 UCSC chain 檔案的比對迭代器。

檔案中的每個 chain 區塊都包含一個成對比對，它們會被增量載入和返回。比對分數會作為比對的屬性進行評分；ID 儲存在比對的 annotations 屬性所參照的字典中，鍵為 “id”。

fmt: str | None = 'chain'

__abstractmethods__ = frozenset({})