Bio.Align.bigpsl 模組

Bio.Align 支援 bigPsl 格式的比對檔案。

bigPsl 檔案是一種 bigBed 檔案，具有 BED12+13 格式，包含 12 個預定義的 BED 欄位和在 autoSql 檔案 bigPsl.as 中定義的 13 個自訂欄位。此模組使用 Bio.Align.bigbed 模組來解析檔案，但以 bigPsl.as 中定義的 PSL 相容方式儲存資料。由於 bigPsl 格式是 bigBed 格式的特殊情況，bigPsl 檔案是二進制的，並以 bigBed 檔案的方式進行索引。

有關更多資訊，請參閱 http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigPsl.html。

您應該透過 Bio.Align 函數使用此模組。

class Bio.Align.bigpsl.AlignmentWriter(target, targets=None, compress=True, extraIndex=(), cds=False, fa=False, mask=None, wildcard='N')

基底類別：AlignmentWriter

bigPsl 檔案格式的比對檔案寫入器。

fmt: str | None = 'bigPsl'

__init__(target, targets=None, compress=True, extraIndex=(), cds=False, fa=False, mask=None, wildcard='N')

建立一個 AlignmentWriter 物件。

引數

• target - 輸出串流或檔案名稱。

• targets - 一個 SeqRecord 物件的列表，其中包含染色體，其

  順序與比對中出現的順序相同。每個 SeqRecord 中的序列內容可能未定義，但必須定義序列長度，如以下範例所示

  SeqRecord(Seq(None, length=248956422), id=”chr1”)

  如果 targets 為 None（預設值），則比對必須具有一個屬性 .targets，該屬性提供 SeqRecord 物件的列表。

• compress - 如果為 True（預設值），則使用 zlib 壓縮資料。

  如果為 False，則不壓縮資料。

• extraIndex - 包含要編入索引的額外欄位名稱的字串列表。

  預設值為空列表。

• cds - 如果為 True，則尋找 CDS 類型的查詢特徵並寫入

  到 PSL 檔案中（預設值：False）。

• fa - 如果為 True，則將查詢序列包含在 PSL 檔案中

  （預設值：False）。

• mask - 指定是否遮蔽目標序列中的重複區域，

  並應在 repMatches 欄位中報告，而不是在 matches 欄位中報告。可接受的值為 None：不遮蔽（預設值）；“lower”：使用小寫字元遮蔽；“upper”：使用大寫字元遮蔽。

• wildcard - 在目標或查詢序列中將與萬用字元的比對報告

  在 nCount 欄位中，而不是在 matches、misMatches 或 repMatches 欄位中。預設值為 ‘N’。

write_file(stream, alignments)

寫入檔案。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.bigpsl.AlignmentIterator(source)

基底類別：AlignmentIterator

bigPsl 檔案的比對迭代器。

載入並以遞增方式傳回儲存在 bigPsl 檔案中的成對比對。額外的比對資訊儲存為每個比對的屬性。

fmt: str | None = 'bigPsl'

__abstractmethods__ = frozenset({})