Bio.Align.bigmaf 模組

Bio.Align 支援 “bigmaf” 多重序列比對格式。

bigMaf 格式以與 MAF（多重比對格式）相容的格式儲存多重比對。 BigMaf 檔案是二進位的，並以 bigBed 檔案進行索引。

請參閱 https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigMaf.html

class Bio.Align.bigmaf.AlignmentWriter(target, targets=None, compress=True, blockSize=256, itemsPerSlot=512)

基類：AlignmentWriter

用於 bigMaf 檔案格式的比對檔案寫入器。

fmt: str | None = 'bigMaf'

__init__(target, targets=None, compress=True, blockSize=256, itemsPerSlot=512)

建立 AlignmentWriter 物件。

參數：

• target - 輸出串流或檔案名稱。

• targets - 包含染色體序列的 SeqRecord 物件清單，

  其順序與比對中出現的順序相同。每個 SeqRecord 中的序列內容可能未定義，但必須定義序列長度，如下列範例所示

  SeqRecord(Seq(None, length=248956422), id=”chr1”)

  如果 targets 為 None（預設值），則比對必須具有屬性 .targets，提供 SeqRecord 物件清單。

• compress - 如果為 True（預設值），則使用 zlib 壓縮資料。

  如果為 False，則不壓縮資料。使用 compress=False 以加快搜尋速度。

• blockSize - 在 r 樹中綁定的項目數。

  請參閱 UCSC 的 bedToBigBed 程式以取得更多資訊。預設值為 256。

• itemsPerSlot - 在最低層級綁定的資料點數。

  請參閱 UCSC 的 bedToBigBed 程式以取得更多資訊。使用 itemsPerSlot=1 以加快搜尋速度。預設值為 512。

write_file(stream, alignments)

寫入檔案。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.bigmaf.AlignmentIterator(source)

基類：AlignmentIterator、AlignmentIterator

用於 bigMaf 檔案的比對迭代器。

該檔案可能包含多個比對，這些比對會以遞增方式載入並傳回。

比對註釋會儲存在 Alignment 物件的 .annotations 屬性中，除了比對分數，其會儲存為屬性。比對區塊中空白部分的序列資訊（將前一個比對區塊連接到下一個比對區塊，但不與目前比對區塊對齊的序列）會儲存在比對註釋中，並放在 "empty" 鍵之下。每個比對行的特定註釋會儲存在對應序列記錄的 .annotations 屬性中。

fmt: str | None = 'bigMaf'

mode = 'b'

__init__(source)

建立 AlignmentIterator 物件。

參數：- source - 輸入檔案串流，或輸入檔案路徑

__abstractmethods__ = frozenset({})