Bio.Align.maf 模組

Bio.Align 支援 "maf" 多重比對格式。

多重比對格式 (Multiple Alignment Format, MAF)，由 UCSC 描述，在單一檔案中儲存一系列多重比對。它適用於全基因體對全基因體比對，並可儲存來源染色體、起始位置、大小和鏈等元數據。

請參閱 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5

您應透過 Bio.Align 函式使用此模組。

MAF 格式中的座標是以零基準的起始位置（類似 Python）和比對區域大小來定義。

長度為 1 且起始於來源序列第一個位置的最小比對區域將具有 start == 0 和 size == 1。

正如我們在此範例中所見，start + size 會比零基準的結束位置大 1。因此，我們可以將 start 和 start + size 作為 Python 列表切片的邊界來操作。

class Bio.Align.maf.AlignmentWriter(target)

基底類別： AlignmentWriter

接收 Alignment 物件，寫入 MAF 檔案。

fmt: str | None = 'MAF'

write_header(stream, alignments)

寫入 MAF 標頭。

format_alignment(alignment)

傳回以 MAF 區塊格式化的單一比對字串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.maf.AlignmentIterator(source)

基底類別： AlignmentIterator

多重比對格式檔案的比對迭代器。

該檔案可能包含多個串聯的比對，這些比對會以遞增方式載入和傳回。

檔案元數據儲存在傳回迭代器的 .metadata 屬性中。比對註解儲存在 Alignment 物件的 .annotations 屬性中，除了比對分數，其會儲存為一個屬性。比對區塊中空部分的序列資訊（將前一個比對區塊連接到下一個比對區塊，但不與目前比對區塊對齊的序列）儲存在 "empty" 鍵下的比對註解中。比對中每一行的特定註解會儲存在相應序列記錄的 .annotations 屬性中。

fmt: str | None = 'MAF'

status_characters = ('C', 'I', 'N', 'n', 'M', 'T')

empty_status_characters = ('C', 'I', 'M', 'n')

__abstractmethods__ = frozenset({})