Bio.Align.analysis 模組

用於對密碼子比對進行計算的程式碼。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds(alignment, method='NG86', codon_table=None, k=1, cfreq=None)

計算給定兩個序列的 dN 和 dS。

可用的方法

• NG86 - Nei 和 Gojobori (1986) (PMID 3444411)。

• LWL85 - Li 等人 (1985) (PMID 3916709)。

• ML - Goldman 和 Yang (1994) (PMID 7968486)。

• YN00 - Yang 和 Nielsen (2000) (PMID 10666704)。

參數

• k - 轉變/顛換率比

• cfreq - 只有在使用 ML 方法時才能指定目前的密碼子頻率向量。獲取 cfreq 的可能方法有：F1x4、F3x4 和 F61。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds_matrix(alignment, method='NG86', codon_table=None)

計算多重比對中每對序列的 dN 和 dS，並以矩陣形式傳回。

參數

• method - 可用的方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

• codon_table - 用於正向轉譯的密碼子表。

Bio.Align.analysis.mktest(alignment, species=None, codon_table=None)

麥當勞-克萊曼中性測試。

實作麥當勞-克萊曼中性測試（PMID：1904993）。此方法計算的是變化而不是位點（http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp）。

參數

• alignment - 要比較的基因核苷酸序列比對。

• species - 比對中每個序列的物種 ID 清單。通常，物種 ID 是字串形式的物種名稱，或是整數。

• codon_table - 用於正向轉譯的密碼子表。

傳回測試結果的 p 值。