Bio.Align.bed 模組

Bio.Align 支援 BED (Browser Extensible Data) 檔案。

瀏覽器可擴展資料 (BED) 格式，在單一檔案中儲存一系列成對比對。通常它們用於轉錄本到基因組的比對。BED 檔案儲存比對位置和比對分數，但不儲存比對序列。

請參閱 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

您應該透過 Bio.Align 函式使用此模組。

BED 格式中的座標是以零起始位置（如 Python）和對齊區域大小來定義的。

在來源序列中，長度為 1 且起始於第一個位置的最小對齊區域的 start == 0 和 size == 1。

如我們在這個範例中看到的，start + size 將給出比零起始結束位置多一的值。因此，我們可以將 start 和 start + size 當作 python 列表切片邊界來操作。

class Bio.Align.bed.AlignmentWriter(target, bedN=12)

基底類別：AlignmentWriter

用於瀏覽器可擴展資料 (BED) 檔案格式的比對檔案寫入器。

__init__(target, bedN=12)

建立一個 AlignmentWriter 物件。

引數

• target - 輸出串流或檔案名稱

• bedN - BED 檔案中的欄數。

  此值必須介於 3 和 12 之間；預設值為 12。

format_alignment(alignment)

傳回一個字串，其中一個比對格式化為 BED 行。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.bed.AlignmentIterator(source)

基底類別：AlignmentIterator

用於瀏覽器可擴展資料 (BED) 檔案的比對迭代器。

檔案中的每一行都包含一個成對比對，這些比對會被載入並遞增地傳回。額外的比對資訊會儲存為每個比對的屬性。

fmt: str | None = 'BED'

__abstractmethods__ = frozenset({})