Bio.Align.a2m 模組

Bio.Align 支援 A2M 檔案。

A2M 檔案是 SAM 序列比對和建模軟體系統中的 align2model 或 hmmscore 建立的比對檔案。

class Bio.Align.a2m.AlignmentWriter(target)

基底類別： AlignmentWriter

A2M 檔案格式的比對檔案寫入器。

fmt: str | None = 'A2M'

format_alignment(alignment)

以 A2M 檔案格式傳回包含比對的字串。

write_alignments(stream, alignments)

將單一比對寫入輸出檔案，並傳回 1。

alignments - 傳回 Alignment 物件的列表或迭代器 stream - 輸出檔案串流。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.a2m.AlignmentIterator(source)

基底類別： AlignmentIterator

A2M 檔案格式的檔案比對迭代器。

A2M 檔案包含一個多重比對。比對僅包含比對或刪除的欄位中，比對以大寫字母表示，刪除則以破折號表示。插入以小寫字母表示，插入的間隙以句點表示。標頭行以 ‘>’ 開頭，後面接著序列的名稱，以及可選的描述。

fmt: str | None = 'A2M'

__abstractmethods__ = frozenset({})